آیتالله گلپایگانی در واکنش به تفرقه افکنی رژیم پهلوی نوشت: «ما ضمن تقبیح این عملیات اعلام میکنیم که این اعمال جز زوال استبداد ثمری نخواهد داشت و شیعه و سنی در این نهضت اسلامی مانند اعضای یک بدن واحد و همکار و همصدا بوده و هستند و جنبش برادران اهل سنت در شهرهای کردستان و تظاهرات آنها در کنار برادران شیعه، تمام نقشههای تفرقهانگیز دشمنان اسلام را نقش بر آب کرد...»
پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ یکی از شیوههایی که برای کنترل و متوقف کردن نهضت اسلامی از سوی رژیم پهلوی مورد استفاده قرار میگرفت، ایجاد تفرقه در صفوف مسلمانان اهل تشیع و اهل تسنن بود. بر این اساس ماموران رژیم پهلوی دست به توطئه میزدند. در یک نمونه، عمال رژیم پهلوی کوشیدند تا در بندر لنگه بین صفوف شیعیان و اهل سنت که هماهنگ با یکدیگر علیه رژیم پهلوی مبارزه میکردند تفرقه بیاندازند اما این توطئه توسط آیتالله سیدمحمدرضا گلپایگانی، مرجع تقلد شیعیان خنثی شد.
آیتالله گلپایگانی در واکنش به توطئه رژیم پهلوی برای ایجاد تفرقه در صفوف مسلمانان در 6 آذر 1357 اعلامیهای صادر کردند که در بخشی از آن آمده بود: «به قرار اخبار واصله و بعض مکاتیب، عمال و ماموران رژیم تلاش مینمایند که در صفوف مسلمین بندر لنگه تفرقه و دودستگی ایجاد [کنند]... تا از این رهگذر به اعدای اسلام و حامیان رژیم صهیونستی کمک نمایند...»
بنابر آنچه در جلد پنجم کتاب "اسناد انقلاب اسلامی" که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است، آیتالله گلپایگانی ضمن تقبیح تفرقهاندازیهای رژیم پهلوی، بر همراهی شیعه و سنی در مبارزه با رژیم تاکید کرده و نوشته بود: «ما ضمن تقبیح این عملیات اعلام میکنیم که این اعمال جز زوال استبداد ثمری نخواهد داشت و شیعه و سنی در این نهضت اسلامی مانند اعضای یک بدن واحد و همکار و همصدا بوده و هستند و جنبش برادران اهل سنت در شهرهای کردستان و تظاهرات آنها در کنار برادران شیعه، تمام نقشههای تفرقهانگیز دشمنان اسلام را نقش بر آب کرده و با استمداد از عنایات الهیه امیدواریم در این نهضت اسلامی هیچ کس و هیچ مقامی نتواند در صفوف متحد مسلمین رخنهای ایجاد کند... جامعه روحانیت از عموم برادران شیعه و اهل سنت در حمایتی که از اسلام و قرآن و دعوت به نظام اسلامی مینمایند، تشکر نموده و از خداوند متعال برای همگان جزای خیر مسالت مینماید.»