در اعلامیه آیت‌الله گلپایگانی آمده است: جامعه روحانیت شیعه و حوزه علمیه قم سانحه دلخراش و فاجعه جبران‌ناپذیر آتش‌سوزی مسجد اقصی را به پیشگاه حضرت ختمی‌مرتبت صلی‌الله‌علیه‌وآله وسلم که قلب مقدسش از این مصیبت بزرگ جریحه‌دار شده تسلیت عرض می‌نماید. برای اظهار تأثر و ابراز تنفر از اعمال دشمنان اسلام و اشغالگران اماکن مقدسه اسلامی، اسرائیل و متجاوزین یهودی عصر روز جمعه 15 جمادی‌الثانی در مدرسه فیضیه مجلسی برقرار است. سزاوار است حضرات علما اعلام و عموم مسلمین در شهرستان‌ها بلکه سایر ممالک اسلامی عزای عمومی اعلام نموده و با تشکیل و شرکت در اینگونه مجالس همدردی و پشتیبانی خود را با برادران مسلمان علیه صهیونیسم و عمال استعمار اعلام نمایند!
پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ فاجعه آتش‌سوی مسجدالاقصی توسط رژیم صهیونیستی در سال 1348 خشم و نفرت مسلمانان را برانگیخت و با واکنش شدید مراجع تقلید از جمله امام خمینی و آیت‌الله گلپایگانی مواجه شد.
آیت‌الله گلپایگانی که در غیاب امام خمینی در ایران، یگانه صدای مخالف رژیم بود در پی این فاجعه اعلام عزای عمومی کرده و اجتماعی را جهت محکومیت این فاجعه برپا می‌کنند که گزارشات آن در اسناد ساواک آمده است.
در اعلامیه آیت‌الله گلپایگانی آمده است: « لَتَجِدَنَّ أَشَدَّ
النَّاسِ عَدَاوَةً لِّلَّذِينَ آمَنُوا الْيَهُودَ وَالَّذِينَ أَشْرَكُوا ( آیه
81 سوره مائده)
جامعه روحانیت شیعه
و حوزه علمیه قم سانحه دلخراش و فاجعه جبران‌ناپذیر آتش‌سوزی مسجد اقصی را به
پیشگاه حضرت ختمی‌مرتبت صلی‌الله‌علیه‌وآله وسلم که قلب مقدسش از این مصیبت بزرگ
جریحه‌دار شده تسلیت عرض می‌نماید. برای اظهار تأثر و ابراز تنفر از اعمال دشمنان
اسلام و اشغالگران اماکن مقدسه اسلامی، اسرائیل و متجاوزین یهودی عصر روز جمعه 15
جمادی‌الثانی در مدرسه فیضیه مجلسی برقرار است.
سزاوار است حضرات
علما اعلام و عموم مسلمین در شهرستان‌ها بلکه سایر ممالک اسلامی عزای عمومی اعلام
نموده و با تشکیل و شرکت در اینگونه مجالس همدردی و پشتیبانی خود را با برادران
مسلمان علیه صهیونیسم و عمال استعمار اعلام نمایند! اِنَّ الله عزیز ذوانتقام. محمدرضا
الموسوی گلپایگانی»
