آیت‌الله مهدوی کنی می‌گوید: آقای شریعتمداری فرمودند که آذربایجان -شاید هم گفتند تبریز- خانه من است. در خانه من کارهایی بدون اطلاع و اذن من انجام می‌شود. آنجا شما بدون اجازه من دادستان نصب می‌کنید. شما امام جمعه نصب می‌کنید بدون اینکه من اطلاع داشته باشم، فرمانده ارتش معین می‌کنید، این‌ها باید با اطلاع و رضایت من باشد.
پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ غائله «حزب خلق مسلمان» یکی از مسائل بحرانی در اولین ماه‌های پیروزی انقلاب بود. اعضای حزب که خود را طرفدار آیت‌الله سیدکاظم شریعتمداری می‌دانستند، به بهانه‌های مختلف، اقدام به مانور خیابانی می‌کردند و شریعتمداری هم هیچگونه همکاری با مسئولان برای خاموش کردن آتش اختلافات نمی‌کرد.
آیت‌الله مهدوی‌کنی که خود از اعضای هیئت مذاکره‌کننده با شریعتمداری در رابطه با غائله حزب خلق مسلمان بود در قسمتی از کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است می‌گوید: «من خودم با توجه به حسن ظنی که به افراد و جریانات داشتم، می‌گفتم شاید بتوانیم ایشان [شریعتمداری] را همراه کنیم تا مشکلاتی که در آذربایجان در اثر نارضایتی ایشان اتفاق می‌افتاد مرتفع بشود؛ چون نارضایتی ایشان آنجا منعکس می‌شد. قهراً آن‌هایی که در حزب خلق مسلمان بودند از این نارضایتی و صفایی که مردم بومی طبعأ داشتند، سوء استفاده می کردند. صحبت بر این بود که یک کاری بکنیم که آقای شریعتمداری را راضی کنیم که دیگر این حرف‌ها پیش نیاید.
در جلسه‌ای که در قم خدمت امام بودیم، اصرار کردیم که خدمت آقای شریعتمداری برویم و صحبت کنیم؛ آقای مهندس بازرگان، حاج احمد آقا و آقای هاشمی و بنی‌صدر حضور داشتند. همه بودیم، اصرار کردیم که به ما اجازه بدهید برویم با ایشان صحبت کنیم، ببینیم ایشان چه می‌گویند و تا حد مقدور بتوانیم رضایت آقای شریعتمداری را جلب کنیم تا این دعواها تمام بشود. امام فرمودند نمی‌شود. من به خصوص خیلی اصرار کردم که حالا شما اجازه بدهید، شاید بشود، ما هم می‌رویم و با ایشان صحبت می‌کنیم. آخر بعد از اصراری که ما کردیم ایشان فرمودند که من می‌گویم نمی‌شود، ولی حالا شما می‌گویید می‌شود، بروید یا ایشان صحبت کنید.
ما خدمت مرحوم شریعتمداری آمدیم، ساعت تقریبا 10 صبح بود. بنی‌صدر هم بود. با ایشان در اتاق خلوت کردیم و مفصل صحبت کردیم که بالاخره جریاناتی که واقع شده این‌ها به نفع انقلاب نیست، به نفع شما هم نیست. شما دستور بدهید کسانی که به نام شما کارهایی بر خلاف جهت انقلاب انجام می‌دهند ترک کنند. در آن روز به خصوص آقای هاشمی زیاد با ایشان صحبت کردند، خیلی احترام کردند، گفتند شما در انقلاب سهم داشتید و با امام بودید، ما برای شما احترام قائل هستیم و نظرات شما برای ما محترم است. شما هر چه بفرمایید ما گوش می‌کنیم. شما دستور بدهید ما گوش می‌کنیم.
ایشان فرمودند که بالاخره من حرفم این است که آذربایجان -شاید هم گفتند تبریز- خانه من است. در خانه من کارهایی بدون اطلاع و اذن من انجام می‌شود. آنجا شما بدون اجازه من دادستان نصب می‌کنید. شما امام جمعه نصب می‌کنید بدون اینکه من اطلاع داشته باشم، فرمانده ارتش معین می‌کنید، این‌ها باید با اطلاع و رضایت من باشد. مردم آنجا از من تقلید می‌کنند، شما باید این‌ها را رعایت کنید.
آقای هاشمی گفتند که مسئله امام جمعه مربوط به امام است، ما نمی‌توانیم دخالت کنیم و بگوییم امام جمعه چه کسی باشد. اجازه بدهید خود امام تعیین کنند. دادستان هم که مربوط به قوه قضاییه است و از آنجا معین می‌شود. ارتش هم که مربوط به ارتش است. این‌ها را که نمی‌شود بدون مطالعه و مشورت تعیین کرد، ولی خوب استاندار را ممکن است با مشورت جنابعالی تعیین کنیم. به مسائل دیگر هم با هماهنگی انجام می‌شود که رضایت شما جلب بشود. شما هم خوب است اعلامیه‌ای صادر کنید تا خلق مسلمان از آشوب و تظاهرات و مخالفت‌هایی که می‌کنند دست بردارند تا آرامش برقرار بشود و دشمن از این تنشی که در آذربایجان است سوء استفاده نکند.
ایشان فرمودند من داخل آن اتاق می‌روم مشورت می‌کنم، بعد چیزی می‌نویسم. ایشان به اتاق دیگر تشریف بردند و ساعتی هم طول کشید. ظاهرا در آن اتاق آقازاده‌شان آقا سید حسن و آقای دستمالچی بودند. بعد از یک ساعت نزدیکی‌های ظهر که می‌خواستیم نماز بخوانیم آن‌ها آمدند و گفتند آقای شریعتمداری فرمودند رادیو، تلویزیون بیاید تا من آنچه که نوشته‌ام بخوانم. ما عرض کردیم آخر ببینیم شما چه مرقوم فرموده‌اید؟ گفتند من نوشتم، برایتان می‌خوانم. ما نمی‌دانستیم ایشان چه نوشته‌اند، ما هم در کنار ایشان نشستیم و رادیو، تلویزیون هم آمدند. بعد ایشان از زیر عبا اطلاعیه را خواندند. وقتی خوانده شد همه ما متعجب شدیم. آخر بنا بود ایشان مردم را به آرامش دعوت کنند و به تبعیت از حکومت مرکزی وادارند، اما در آن نوشته چنین آمده بود که قرار است کارهای آذربایجان زیر نظر من باشد.
نمی گویم ایشان می‌خواستند کشوری جدا و دولتی مستقل تشکیل دهند، ولی برداشت من این بود که ایشان می‌گویند همه این‌ها زیر نظر من باشد. اگر نظر وی اعمال می‌شد پس حکومت مرکزی چه کاره بود؟ حاج احمد آقا، مهندس بازرگان و بنی‌صدر که تا حدی هوای ایشان را داشتند و می‌خواستند به ایشان احترام بکنند، آن‌ها هم ناراحت شدند که این چه وضعی است؟ پس از آن خدمت امام رفتیم. حاج احمد آقا قبل از ما خدمت امام رفتند و سپس ما رفتیم. امام فرمودند که دیدید گفتم نمی‌شود.
من آن موقع هدف اصلی مرحوم شریعتمداری را به وضوح نمی‌دانستم. ایشان از دنیا رفته و خدایش رحمت کند، ولی این برخوردهایی که داشتند، برخوردهایی بود که به حسب ظاهر مطلوب نبود و برداشت همه ما این بود که ایشان می‌خواهد آذربایجان را زیر چتر خودشان داشته باشد؛ حال آنکه می‌شد با هماهنگی رضایت ایشان هم جلب بشود، اما نه به طور کلی. مگر می‌شد که تمام مسئولان استان را با نظر ایشان و در واقع با نظر اطرافیان ایشان که غالبا خلق مسلمانی بودند تعیین کرد؟ و خلاصه شد آنچه که شد و بالاخره جریان قطب‌زاده در ارتباط با ایشان و توطئه انفجار بیت امام در جماران پیش آمد که به عزل ایشان از مرجعیت توسط جامعه مدرسین قم منجر گردید و من جریان توطئه آن حزب، مبنی بر تفکیک آذربایجان را در نماز جمعه تهران بیان کردم. در آن موقع فرزند ایشان سید حسن که کارگردان همه این جریان‌ها بود در تلگرافی مطالب مرا تکذیب کرد، با اینکه تمام شواهد و قرائن دلالت بر این توطئه داشت که خداوند انقلاب را از شر آن محفوظ داشت.»
سرانجام نیز غائله حزب خلق مسلمان توسط مردم پایان یافت و سران آن در اواخر اردیبهشت 1359 محاکمه شدند.
