پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آیتالله سید ابوالقاسم خویی، از جمله مراجع آگاه نجف بود که در دوران حیات خود، در مقابل استبداد میایستاد. واکنش او به فاجعه فیضیه و کشتار مردم ایران در 15 خرداد، در تاریخ نهضت اسلامی ایران ماندگار است. در سوی مقابل رژیم پهلوی نیز میکوشید به شیوههای مختلف، رابطه خود را با این مرجع عالیقدر برقرار کند اما موفق نمیشد. یکی از این موارد، ماجرای ارسال قرآن اهدایی شاه به آیتالله خویی و عدم پذیرش آن از سوی ایشان بود.
آیتالله فاضل استرآبادی در بخشی از کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است، درباره ماجرای قرآن اهدایی محمدرضا پهلوی به آیتالله خویی میگوید: محمدرضا پهلوی و خانوادهاش جهت عوامفريبي به بعضي از فعاليتهاي مذهبي دست ميزدند؛ مثل نماز خواندن يا به حرم مطهر امام رضا(ع) رفتن و يا پوشيدن احرام و عكس گرفتن و منتشر كردن و ....
از جمله دیگر اقداماتي كه شاه انجام داد، چاپ قرآن و ارسال آن براي علما بود. شاه مطمئن بود كه علما قرآن را رد نميكنند و پذيرش قرآن از سوي علما هم در واقع به نوعي به معناي تأييد دربار و سلطنت خواهد بود. قرآن را علاوه بر علماي ايران براي علماي نجف هم فرستاد. مرحوم آيتالله خويي قرآن اهدايي شاه را قبول نكرد و نپذيرفت و برگرداند. اما بعضي از علماي نجف قرآن را قبول كردند كه باعث اعتراض و ناراحتي مرحوم آقاي خويي گرديد.
از جمله كساني كه قرآن ارسالي شاه را قبول كرد، مرحوم سيدمحمد كلانتر بود... وقتی خبر قبول و دريافت قرآن شاهنشاهي توسط آقاي كلانتر را به اطلاع مرحوم آقاي خويي رساندند، آقاي خويي ناراحت شد و او را احضار كرد و به او فرمود: «چرا قرآن شاه را قبول كردي؟ اگر بعضي از آقايان ديگر قبول كردند، تو چرا اين كار را كردي؟»
آقاي كلانتر در مقابل پرسش مرحوم آقاي خويي به زحمت ميافتد و دچار مشكل ميشود. عذرخواهي ميكند و ميگويد: «من مشورت كردم و بعد از مشورت قرآن را گرفتم.» مرحوم آقاي خويي سؤال ميكند كه با چه كسي مشورت كردي؟» آقاي كلانتر گفت: «با آقاي مدرس افغاني.» مرحوم آقاي خويي با شنيدن اين بيشتر ناراحت ميشود. آنگونه كه نقل كردند، خنده تلخي ميكند و خطاب به حاضران ميگويد: «آقا ميرود با ملاصدرا مشورت ميكند.»