پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ گفته‌ها و ناگفته‌ها پیرامون شخصیت مبارزی همچون آیت‌الله طالقانی بسیار است. از جمله آن‌ها نظر وی درباره سازمان مجاهدین خلق (منافقین)، قبل و بعد از پیروزی انقلاب اسلامی است.
ولی‌الله چهپور از نزدیکان آیت‌الله طالقانی در کتاب خاطرات خود که با عنوان "همراه پیر پاک" توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است می‌گوید: وسعت مشرب آیت‌الله طالقانی موجب شد تا بتواند طیف متنوعی از گروه‌های فکری و سیاسی را به خود جذب کند. در این میان و با سوءاستفاده از این روحیات و ظرفیت ایشان، گروه‌هایی سعی کردند تا با نگاه ابزاری به جایگاه و موقعیت والای ایشان، او را خرج مطامع سیاسی خود کنند.
از جمله این گروه‌ها منافقین و نهضت آزادی بودند؛ اما سعه صدر مرحوم طالقانی نه بی‌ملاک بود و نه بی‌حد و مرز و ایشان همواره در برابر انحرافاتی که با روش‌های رئوفانه قابل اصلاح نبود، با قاطعیت موضع‌گیری می‌کرد.... مثلا آقای طالقانی به من گفته بود از هر ده بار تقاضای ملاقات رجوی یک بار او را بپذیر، ما دامنه رفت و آمد آن‌ها را به دفتر در حد امکان محدود کرده بودیم. خودم چندین بار به بهانه‌های مختلف مسعود رجوی سرکرده گروه را به دفتر راه ندادم.
آقای طالقانی در مورد انحرافات اعتقادی آن‌ها خیلی حساسیت داشت. به یادم دارم که ایشان در جریان یکی از مسافرت‌هایش که از تهران به شمال رفته بود، یک روز صبح تا ظهر با یکی از بستگان خود که به لحاظ فکری به مجاهدین گرایش داشت، درباره مقوله "معاد" بحث کرد و هنگام اذان ظهر که برای اقامه نماز از جای بلند شد رو به آسمان کرد و گفت: برای من امر معاد از این خورشید درخشان واضح‌تر است.
در مورد سوءاستفاده‌های سیاسی منافقین هم باید گفت آقای طالقانی تا جایی که مقدور بود، تلاش می‌کرد آنان نتوانند از وجهه ایشان به نفع خود هزینه کنند.
در جریان مسافرت ایشان به چالکرود که بر اثر فشارهای سیاسی و جهت رفع خستگی بود و عناصر فرصت‌طلب این موضوع را بهانه تبلیغ علیه نظام کرده و تظاهراتی به راه انداختند، وقتی که حاج احمد آقا فرزند امام به چالكرود آمدند و به ایشان اطلاع دادند که منافقین گفته‌اند حاضرند نیروهای نظامی خود را تحت اختیار آقای طالقانی قرار دهند، به شدت برآشفت و علی‌رغم اینکه تصمیم داشت تا مدت بیشتری را برای تمدد اعصاب در آنجا بماند، به سفر خود خاتمه داده و برای دیدار امام رهسپار قم شد و به غائله خاتمه داد.
ایشان در مواردی که می‌دید تسامح اثر معکوس دارد، قاطعانه موضع می‌گرفت؛ نظير موضعی که ایشان یکی دو هفته قبل از رحلت خود در خطبه‌های نماز جمعه تهران عليه منافقین اتخاذ کرد و از آن‌ها به عنوان "چپی‌ها" و "جوجه کمونیست‌ها" نام برد.
اما در مورد اعضای نهضت آزادی باید گفت که این‌ها پس از پیروزی انقلاب اسلامی، ارتباط خود را با دفتر آقای طالقانی قطع کردند و سنخیت فکری و عملی چندانی میان خود و ایشان احساس نمی‌کردند. حتی در پاره‌ای موارد مانند مسئله شوراها مجموعه دولت موقت به ویژه وزارت کشور با نظرات آقای طالقانی مخالف بوده و کارشکنی هم می‌کردند.
