پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ حجتالاسلام سید احمد خمینی در دوران نهضت اسلامی، با اقدامات متفاوت مبارزه را پیگیری میکرد بطوری که بخشی از فعالیتهای وی از دید ساواک هم مخفی میماند. یکی از این اقدامات ارتباط با گروههای چریکی مسلمان نظیر جنبش امل در لبنان است که تحت نظارت امام موسی صدر و شهید مصطفی چمران فعالیت میکرد. این در حالی است که مأموران رژیم پهلوی تنها ارتباط خویشاوندی حاج احمد آقا و امام موسی صدر را عامل ورود او به لبنان میدانستند. به عنوان مثال در گزارشی به تاریخ 13 بهمن 1352 آمده است: «احمد خمينی، پسر [امام] خمينی پس از حج به لبنان وارد و در منزل موسی صدر بهسر میبرد. نظريه: علت حضور احمد خمينی در منزل موسی صدر نسبت فاميلی است که با وی دارد.»
حاج احمد آقا در دهه 50 و با شدت گرفتن مبارزات، بیش از گذشته خط و مشی مبارزه را دنبال میکند و در عین حال ساواک را نیز در شناسایی فعالیتهای خود ناکام میگذارد. به طوری که ساواک طی گزارشی، بر این مهم اعتراف میکند:
«درباره سید احمد خمینی
نامبرده بالا اخیراً به طور خصوصی اظهار میداشت چندی پیش یکی از کارمندان امنیتی ایران با اظهار تاسف گفته است ما دیر متوجه شدیم که سید احمد خمینی دارای فعالیت شدید در قم بوده و حیف شد که از دست ما جان سالم به در برد. سید احمد ضمن اظهار ناراحتی از فاش شدن روابط وی با گروههای چریکی [نظیر جنبش امل در لبنان]، از اینکه توانسته است قبل از گرفتار شدن از ایران خارج شود احساس خرسندی مینمود.»