پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ وقوع سیل در تیرماه 1357 در ایرانشهر آسیب زیادی به روستائیان و مردم آن منطقه وارد کرده بود. آیت‌الله خامنه‌ای که در اواخر آذر 1356، به ایرانشهر تبعید شده بود به همراه روحانیون دیگر به کمک مردم شتافتند.
در ابتدا «گروه امداد اسلامی» در مسجد آل‌رسول ایرانشهر تشكيل شد. ساواک سیستان و بلوچستان در این رابطه اعلام می‌کند: «روحانیون تبعیدی مقیم ایرانشهر به سرپرستی [آیت‌الله] سید علی حسینی خامنه‌ای ضمن تماس با اهالی شهرستان‌هائی نظیر یزد و زاهدان؛ آرد، برنج، نان و غیره تهیه و با در اختیارگذاردن حواله‌ای به شرح "مسجد آل رسول – گروه امدادی علمای اسلامی، سید علی خامنه‌ای"، مواد مزبور را بین سیل‌زدگان توزیع می‌نمایند.»
در گزارشی دیگر از ساواک به تاریخ 14 شهریور 1357 تأثیر این اقدامات چنین گزارش شده است: «در حادثه سیلی که چندی قبل در ایرانشهر جاری و به اهالی خسارت مالی زیادی وارد و زندگیشان تباه شده، یک نفر از آخوندهای تبعیدی به نام [آیت‌الله] خامنه‌ای... به مردم شهرستان مذکور کمک نقدی و جنسی (از قبیل پتو، خواربار از هر رقم) می‌نماید و کمک وی باعث رفع گرفتاری مردم شده...»
همین فعالیت‌های گسترده و خدمات اجتماعی آیت‌الله خامنه‌ای و محبوبیت روزافزون ایشان در ایرانشهر موجب تغییر محل تبعید ایشان شد. بطوری که یکی از دلایل ساواک برای تبعید ایشان به جیرفت "تحریكات آن‌ها در جریان كمك به سیل‌زدگان" عنوان شده است.
