پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ یکی از ابزار دشمنان مردم ایران برای مهار توسعه بومی دانش هسته‌ای، ملزم‌کردن ایران به امضا و تصویب «پروتکل الحاقی» از طریق ساختارهای حقوقی مانند شورای امنیت و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی بود. از همین روی در تاریخ 5 آذر 1382 قطعنامه‌ای نسبت به فعالیت هسته‌ای ایران صادر شد که در آن، ضمن ابراز نگرانی شدید نسبت به فعالیت هسته‌ای ایران، جمهوری اسلامی ایران را به عدم پایبندی، عدم همکاری، مخفی کاری، نقض تعهدات و خلاف گویی متهم کرده و امضاء، تصویب و اجرای کامل سریع و بدون قید و شرط پروتکل الحاقی، تعلیق همه فعالیت‌های مربوط به غنی‌سازی و اعطای دسترسی‌های نامحدود را خواستار شده است.
امضای پروتکل مخاطرات زیادی را برای کشور ایران ایجاد کرده است. حجت‌الاسلام سید محمود نبویان در کتاب "چالش هسته‌ای" که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است، آسیب‌های پذیرش و اجرای پروتکل الحاقی را اینگونه برمی‌شمارد:
افشای وسیع اطلاعات محرمانه
براساس پروتکل الحاقی، دامنه اختیار بازرسان آژانس برای بازدید از اماکن هسته‌ای یا حتی غیر هسته‌ای به عنوان «راستی آزمایی» افزایش خواهد یافت که این امر در صورت وجود جاسوس در تیم بازرسی، مانند مورد عراق می‌تواند به خروج اطلاعات طبقه بندی شده منجر شود.
به عقیده ایران، با وجود تعهدات آژانس به حفاظت از اطلاعات محرمانه دولت‌های عضو و با این که ایران بارها اطلاعات ارائه شده به آژانس را محرمانه اعلام کرده است، اما به دفعات ثابت شده است که آژانس اطلاعات فنی تفصیلی و محرمانه مذکور را در قالب گزارش‌های خود افشا نموده است.
دسترسی منابع خبری و رسانه‌ای غرب به اطلاعات حساس صنعت هسته‌ای ایران یعنی اطلاعاتی که ایران در اجرای تعهدات پادمانی یا ایفای همکاری‌های داوطلبانه ناشی از توافق‌های دوجانبه در اختیار آژانس و بازرسان قرار داده است، شاهدی آشکار بر درز اطلاعات محرمانه هسته‌ای ایران از ساختارهای مرتبط با پادمان در آژانس است.
جنبه دیگر از افشای اطلاعات محرمانه هسته‌ای ایران، شیوه گزارش دهی مدیر کل آژانس است. درج اطلاعات بسیار جزئی و تفصیلی در زمینه صنایع هسته‌ای ایران و اقدامات آنها نیز از زمینه‌هایی است که زمینه نشت برخی اطلاعات طبقه بندی شده را فراهم کرده است.
بازرسی‌های کنترل نشده معاونت پادمان آژانس بدون آسیب شناسی بازخورد آن می‌تواند «اصل حفاظت از اطلاعات و اسناد طبقه بندی شده» را مخدوش کند.
دسترسی نامحدود به هر مکان
قطعنامه دوم شورای حکام علیه فعالیت هسته‌ای ایران در تاریخ ۵ آذر۱۳۸۲؛ «از ایران می‌خواهد اقدامات اصلاحی را به صورت فوری و به منظور همکاری کامل با آژانس در اجرای تعهد ایران به افشای کامل و اعطای دسترسی نامحدود اتخاذ نماید و شفافیت لازم را به منظور انجام کار قابل ملاحظه آژانس برای ارائه و حفظ اطمنیان‌های درخواست شده توسط تمام اعضاء ارائه نماید.»
با عنایت به اینکه آژانس خواهان دسترسی نامحدود به هر مکان بوده است، امکان درخواست بازرسی از اماکن حساس کشور از جمله مجلس و ریاست جمهوری نیز متصور بوده است.
نکته مهم در این موضت این است که مکان‌هایی که آژانس برای بازرسی از ایران درخواست می‌کرده است، مواردی بوده است که سازمان اطلاعاتی غرب برای آنها معین کرده بودند.
بازدید از مراکز نظامی ایران
یکی از خطرناکترین درخواست آژانس، بازرسی از مراکز نظامی ایران بوده است. در گزارش مدیرکل آژانس در مورد برنامه هسته‌ای ایران در تاریخ ۱۲ خرداد آمده است:
«ایران در ارائه دسترسی به مکان‌ها شامل کارگاه‌های واقع در سایت‌های نظامی در پاسخ به درخواست‌های آژانس همکاری نموده است.»
حسن روحانی دبیر شورای عالی امنیت ملی نیز یک روز بعد از این گزارش آژانس تصریح می‌کند: «در این گزارش آمده که ایران همکاری خوبی برای پاسخ به سوالات و رفع ابهامات آژانس داشته است. همچنین دسترسی‌های مورد نظر آژانس، حتی در سایت‌های نظامی را به آژانس داده است.»
بنابراین با مجوز آقای روحانی، ماموران آژانس از مراکز مختلف و مهم نظامی از جمله؛ سایت نظامی پارچین، سایت کلاهدوز، سایت لویزان و شیان، مراکز صنایع دفاع، کارگاه تولید روتور بازدید کرده‌‌‌اند.
دسترسی به افراد و بازجویی از آنها
از نکات نگران‌کننده دیگر این این بود که آژانس بدنبال دسترسی به افراد و متخصصین و شناسایی آنها و نیز بازجویی از آنها تحت عنوان مصاحبه بوده است. در گزارش مدیرکل آژانس نسبت به برنامه هسته‌ای ایران در تاریخ ۴ شهریور ۱۳۸۲ تأکید شده است که برای اثبات این امر که آلودگی بالا در نطنز منشأ خارجی دارد، نیاز است که با افرادی که در تحقیق و توسعه در ایران دخالت دارند (یعنی متخصصین و دانشمندان) صحبت و مذاکره شود:
«آژانس قصد دارد ارزیابی خود را در مورد این اظهار نظر ایران که ذرات اورانیوم بسیار غنی‌شده موجود در نمونه‌های اخذ شده در نطنز می‌تواند ناشی از آلودگی‌های حاصل از قطعات وارداتی باشد، ادامه دهد. همان‌گونه که از سوی ایران مورد موافقت قرار گرفت، این روند مستلزم مذاکره با مقامات ایرانی و نیز پرسنل ذی‌مدخل در فرایند تحقیق و توسعه مربوطه در ایران و همچنین بازدید از تأسیسات و دیگر اماکن مربوطه توسط بازرسان و متخصصان فناوری غنی‌سازی آژانس خواهد بود».
با اجازه آقای روحانی اجازه دسترسی به تمام محل‌های مورد درخواست آژانس و نیز دسترسی به افراد مورد درخواست، به آژانس داده می‌شود.
در گزارش مدیر کل آژانس در مورد برنامه هسته‌ای ایران در تاریخ ۱۹آبان۱۳۸۲ آمده است:
«به دنبال تصویب قطعنامه GOV/2003/69 شورای حکام، دولت ایران مدیرکل را مطلع ساخت که این کشور اکنون سیاست آشکارسازی کامل را پیش گرفته و تصمیم دارد تصویر کاملی از کلیه فعالیت‌های هسته‌ای خویش را به آژانس ارائه کند. از آن زمان تاکنون ایران از خود همکاری فعالانه و آشکارسازی نشان داده است. این امر بویژه با توجه به اعطای دسترسی نامحدود به آژانس از جانب ایران به تمام محل‌های مورد درخواست آژانس، ارائه اطلاعات و شفاف‌سازی در رابطه با منشأ تجهیزات و اجزای وارداتی و در دسترس قرار دادن اشخاص برای مصاحبه، معلوم می‌گردد. این تحول، مورد استقبال است».
چندی بعد دبیر شورای عالی امنیت ملی به صراحت اعلام کرد: « امروز در جوی هستیم که پروتکل را امضا کرده ایم، بازدیدهای مکرر آژانس صورت گرفته و مصاحبه‌ها انجام گرفته است»
