آیت‌الله خامنه‌ای می‌گوید: « آیت‌الله صدوقی در آن دوران که ما در تبعید بودیم در ایرانشهر و با وجود اختناقی که در آن دوران وجود داشت ایشان با جمعی از دوستانشان از یزد حرکت کردند ... و به ایرانشهر به دیدن ما آمدند و چنانچه به دیدن دیگر تبعیدیان نیز رفته بودند. آمدن ایشان یک کمک روحی بسیار بزرگی برای ما آن روز محسوب می‌شد.»
پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ روزنامه جمهوری اسلامی بعد از شهادت آیت‌الله صدوقی، در 12 تیر ماه 1361 با آیت‌الله خامنه‌ای درباره آن شهید مصاحبه کرد. در بخشی از این گفت‌وگو آیت‌الله خامنه‌ای فرمودند:
«شهادت فقیه جلیل‌القدر و بزرگوار و عالم مجاهد
حضرت آیت‌الله صدوقی یکی دیگر از افتخارات جامعه روحانیت اسلام و سند زنده‌ای بر
حقانیت ادعاهای جمهوری اسلامی است همچنین این فاجعه سند متقنی بر سیاه‌روئی، سیاه
کاری عمال استکبار جهانی استکه به این حادثه و حوادث دامان خودشان را آلوده کرده‌اند
دشمن با این محاسبه که کسانی از قبیل آیت‌الله صدوقی ستون‌ها و استوانه‌های حرکت‌های
مردمی انقلاب ما هستند برای اینکه این حرکت را متوقف کند و حضور مردم در صحنه را
از بین ببرد، دست به این ترورها و این جنایتها می‌زند. حقیقت این است که نیمی از محاسبه
درست است و نیمی غلط، درست است که امثال آیت‌الله صدوقی حضرت آیت‌الله دستغیب و
حضرت آیت‌الله مدنی استوانه‌های اصلی حرکت‌ها مردمی در صحنه هستند اما این تفکر که
با رفتن این‌ها حرکت مردمی متوقف خواهد شد و حضور مردم در صحنه منتقی خواهد شد
محاسبه غلطی است زیرا اگر جسم صدوقی‌ها با این ترورها از میان مردم مفقود می‌شود و
می‌رود اما خاطره آن‌ها و تعالیم آن‌ها و حرکت آن‌ها همچنان در میان مردم برای مدت‌های
طولانی باقی خواهد بود...
آیت‌الله خامنه‌ای در ادامه و با یادآوری دوران تبعید خود به ایرانشهر می‌گویند: خاطره بسیار عزیزی که از این بزرگوار[ آیت‌الله صدوقی] دارم این است که ایشان در آن دوران که ما در تبعید بودیم در ایرانشهر و با وجود اختناقی که در آن دوران وجود داشت ایشان با جمعی از دوستانشان از یزد حرکت کردند و علی‌رغم فرسودگی و پیری راه‌های طولانی را پیمودند و به ایرانشهر به دیدن ما آمدند و چنانچه به دیدن دیگر تبعیدیان نیز رفته بودند. آمدن ایشان یک کمک روحی بسیار بزرگی برای ما آن روز محسوب می‌شد.
همچنین بعد از آنکه ایشان از ایرانشهر برگشتند نامه‌ای برای من نوشتند که بعضی از مسائل یزد را برای من در این نامه شرح داده بودند و من در پاسخ ایشان نامه مشروح و مفصلی نوشتم که شامل تحلیل وسیعی از اوضاع ایران و اوضاع انقلاب و اوضاع گروه‌های مبارز و اوضاع روحانیت بود که آن نامه در آن وقت منتشر شد و در ده‌ها هزار نسخه به دست همه رسید و در آن نامه به نقش روحانیت و حساسیت دستگاه‌های استکباری نسبت به روحانیت اشاره کرده بودم و آن را تشریح کرده بودم که شهادت ایشان شاهد بزرگی است بر مسائلی که در آن آمده نامه آمده بود.»
