پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ شهید محمدجواد باهنر از جمله مبارزان دوران نهضت اسلامی بود؛ به طوری که فعالیتهای سیاسی او، سوءظن و حساسیت منابع امنیتی رژیم پهلوی را برانگیخته بود. در گزارشی از اداره کل سوم ساواک درباره شهید باهنر در سال 1350 آمده است:
از اداره کل سوم به ریاست ساواک تهران
درباره: محمدجواد باهنر
با اعلام اینکه قرار است از ناحیه عناصر مخالف در خلال برگزاری جشنهای 2500 ساله شاهنشاهی یک سلسله فعالیتهای مضره ازجمله، خرابکاری، پخش اعلامیه و نظایر آن صورت گیرد و از طرفی از مجموع گزارشات واصله و بررسیهای معموله این نتیجه حاصل شده که اکثر افرادی که در گذشته به علت انجام فعالیتهای مضره دستگیر و سپس آزاد گردیدهاند با استفاده از تجارب و آمادگی روحی در این زمینه نقش اساسی را دارند علیهذا با در نظر گرفتن سوابق نامبرده بالا و احتمال شرکت وی در اینگونه فعالیتها خواهشمند است دستور فرمایید با استفاده از تمام امکانات در صورت لزوم (کنترل مکاتبات و تلفن تیم تعقیب و مراقبت) نسبت به شناسائی مجدد و تعیین محل سکونت و کار وی، تهیه یک قطعه آخرین عکس نامبرده و همچنین روشن نمودن نحوه فعالیتهای کنونی و شناسایی دوستان و همفکران او اقدام و به محض مشاهده عمل مشکوکی یا تردد به هر منطقه از کشور مراتب را سریعاً اعلام نمایند.