پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آیت‌الله صابری همدانی در کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است در مورد فاجعه فیضیه فروردین سال 1342 و حمله کماندوها به آیت‌الله گلپایگانی می‌گوید: «کماندوهای رژیم به سوی آیت‌الله گلپایگانی که در مجلس حضور داشت، حمله‌ور شدند که جمعی از طلاب ایشان را به یکی از حجره‌ها بردند و در حجره را بستند و با ایستادن جلوی در، از ایشان دفاع کردند و با تحمل ضربات و صدماتی، مانع تعرض کماندوها به ساحت مرجعیت گردیدند. مأموران دولتی به حاج آقا مهدی گلپایگانی، فرزند مرحوم آیت‌الله گلپایگانی هم حمله و تعرض کردند ولی ایشان با فرار از دست مزدوران در گوشه‌ای پنهان شده و پناه گرفت، اما عوامل رژیم آقای علوی داماد حضرت آیت‌الله گلپایگانی، را به تصور اینکه خود آیت‌الله گلپایگانی است است دستگیر کرده و به مرکز ساواک بردند و بعد از پی بردن به اشتباه خودشان، ایشان را آزاد کردند.
درگیری و زدوخورد کماندوهای رژیم با طلاب، دو سه ساعت و تا نزدیکی‌های ظهر و غروب ادامه پیدا کرد و یکی دو کشته و مجروحین بسیاری بر جای گذاشت. آن طور که می‌گفتند طلبه‌ای به نام اسماعیل که از طبقه دوم مدرسه پایین پرتش کردند و یکی از طلاب گیلانی، از شهدای این فاجعه بودند، اما ظاهرا افراد دیگری هم در این واقعه به شهادت رسیدند که خانواده‌هایشان از ترس ابراز نکردند. نکته جالب اینکه در این درگیری‌ها تعدادی از کماندوهای حکومتی نیز با سنگ‌پرانی طلاب مدرسه فیضیه مصدوم و زخمی شدند. با فرا رسیدن شب و آرام شدن اوضاع طلابی که همراه مرحوم آیت‌الله گلپایگانی بودند، ایشان را از پناهگاه خارج ساخته و به منزل بردند.»
