پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ در فروردین سال 46، آیت‌الله سید حسن قمی به دنبال یك سخنرانی در اعتراض به آیین‌نامه جدید وزارت فرهنگ كه تهدیدی علیه استقلال روحانیت تلقی می‌شد دستگیر و تبعید شد. در پی دستگیری آیت‌الله قمی، بلافاصله آیت‌الله خامنه‌ای از آیت‌الله میلانی خواستند تا به این اقدام واكنش نشان دهد. در چنین شرایطی ساواك با اطلاع از فعالیت‌های آیت‌الله خامنه‌ای و حمایت ایشان از آیت‌الله قمی، دستگیری و بازداشت ایشان را در دستور كار قرار داد.
براساس ارزیابی ساواك، فعالیت‌های آیت‌الله خامنه‌ای «مصالح رژیم پهلوی» را به خطر می‌انداخت. بدین‌ترتیب دستور دستگیری ایشان در روز دوازدهم فروردین صادر شد.
سرتیپ بهرامی، رئیس ساواك خراسان، از شهربانی خواست تا ایشان را فورا بازداشت كرده و تحویل ساواك دهند. لذا در 14 فروردین همان سال، آیت‌الله خامنه‌ای در حالی كه در مراسم تشییع پیكر آیت‌الله شیخ مجتبی قزوینی حاضر بودند توسط شهربانی مشهد دستگیر و به اداره ساواك منتقل شدند.
