نهاد مرجعیت در مذهب تشیع از امتیازات مهم و برجستهی این مذهب اسلامی است. این نهاد از بدو تأسیس خود تاکنون مهمترین نقش را در حفظ و تداوم آموزههای شیعی و حفظ حدود ثغور ایران اسلامی ایفا کرده است. نهضت اسلامی که در سال 1341 به رهبری حضرت امام آغاز شد با تکیه به همین ویژگی معظمله بروز و ظهور یافت.
با
شروع مبارزات اسلامی، مراجع عظام تقلیدِ مقیم حوزههای علمیهی قم، مشهد، و
نجف اشرف هر یک به فراخور موقعیت خود مجاهدات و فعالیتهای روشنگرانهای
کردند. در میان مراجع عظام تقلیدِ مقیم نجف اشرف آیتالله العظمی شاهرودی
روابط دوستانه و صمیمیای با حضرت امام(ره) داشت و در ایام تبعید امام
خمینی (ره) مراودات ایشان در اسناد و گزارشهای ساواک منعکس گردیده است.
آیتالله العظمی شاهرودی پیش از آن از جمعیت فدائیان اسلام نیز حمایت کرده
بود.
مبارزات وی با احزاب کمونیستی، حزب بعث عراق و مخالفت با اخراج ایرانیان از عراق توسط آن حزب به اوج خود رسید و در نتیجه بیت معظم له توسط مأموران بعثی مورد تعرض قرار گرفت.