در سال 1352 آیت‌الله مشکینی بار دیگر از سوی ساواک بازخواست شد و طبق رأی كمیسیون امنیت اجتماعی قم به سه سال اقامت اجباری در ماهان كرمان محکوم گردید. براساس سندی از ساواک: «علی‌اكبر فیض مشكینی فرزند ملاعلی رأی كمیسیون امنیت اجتماعی قم به سه سال اقامت اجباری در ماهان كرمان محكوم شده و اخیراً به اردبیل مسافرت نموده. لذا سریعاً با همكاری مأمورین انتظامی منطقه بازداشت و از طریق مأمورین انتظامی به قم اعزام تا پس از رؤیت رأی صادره به محل مذكور اعزام گردد» آیت‌الله مشكینی بعد از حدود یكسال اقامت اجباری در شهر ماهان این بار به شهرستان گلپایگان انتقال داده شدندآیت‌الله مشکینی با وجود تبعید و مراقبت ویژه از سوی ساواک، فعالیت‌های مبارزاتی خود را در ماهان، گلپایگان و سپس کاشمر ادامه داد و طی سال‌های منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی هم به مبارزات خود تداوم بخشید به طوری که نام و امضای وی در پای بسیاری از اعلامیه‌ها و بیانیه‌های آن سال‌ها دیده می‌شود.
