پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ شهادت حاج آقا سید مصطفی خمینی در اول آبان 1356 براي امام و ملت ايران با حزن و اندوه همراه بود؛ امّا آن‌چنان که امام فرمودند، جزو «الطاف خفيه الهي» بود. وفات ايشان روحي تازه در انقلاب دميد و در بسياري از شهرستان‌ها اين حادثه و حوادث متعاقب آن را مي‌‌توان جرقه‌‌هايي دانست که خشم خفته مردم را آشکار كرد. یکی از بزرگ‌ترین مجالس ترحیم فرزند امام در مشهد برگزار شد.
در این میان، شهر کوچکي همچون سبزوار ارتباط‌هاي اندکي با مشهد داشت و روحانيان با رفت‌وآمد و تبادل تلگراف و نامه از حوادث روز باخبر مي‌‌‌‌شدند، اما تا زمان شهادت حاج آقا مصطفي چندان واکنشي از خود نشان نداده بودند. برپايي مجالس ترحيم همراه با اعتراض به اقدام‌هاي رژيم پهلوی و صدور اعلاميه را مي‌‌توان ازجمله واکنش‌‌هاي مردم و در رأس آنان روحانيان مبارز سبزوار به حادثه يادشده دانست. بنابر نقلي، راهپيمايي‌‌هاي اعتراض‌آميز گسترده در سبزوار از اين زمان آغاز شد.
چنانکه در کتاب "انقلاب اسلامی در سبزوار" که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده آمده است: با اطلاع‌يافتن روحانيان سبزوار از شهادت فرزند امام، حجج اسلام سيدمحمدحسن علوي و سيدفخرالدين افقهي، که به‌طورعمده زمام امور شهر را در دست داشتند، تصميم گرفتند با برپايي مراسم عزاداري و ترحيم در مسجد جامع، ياد و نام حاج آقا مصطفي و به اين بهانه نام امام خميني را گرامي دارند. اعلاميه‌‌هايي دراين‌خصوص بر دروديوار شهر نصب شد. برپايي اين مراسم با درگذشت ميرزااسدالله فاضلي، از روحانيان حوزه‌ي علميه‌ي سبزوار مصادف بود. اين تقارن پوششي مناسب به‌وجود آورده بود تا شهرباني و نيروهاي امنيتي در روند کار مزاحمتي ايجاد نکنند.
با توجه به اطلاعيه‌‌اي که منتشر شده بود، مجلس ترحيم در مسجد جامع برگزار شد و مردم دسته‌دسته براي قرائت قرآن و فاتحه به مسجد وارد شدند. سيل جمعيت به گونه‌‌اي بود که بيشتر شبستان‌هاي مسجد در اندک زماني پر شد.
علما و طلاب ازجمله حجت‌الاسلام علوي، افقهي، اخلاقي، شهرستاني، اديب و تني چند از وعاظ هم در اين مجلس حضور داشتند. دراين‌حين، اعلاميه‌‌هايي که حاوي تسليتِ شهادت حاج آقا مصطفي بود و قبلاً چاپ و تکثير شده بود، بين حضار پخش شد. محتواي اعلاميه‌‌ها فقط حاوي تسليت نبود بلکه عمال رژيم را مسبّب شهادت نامبرده معرفي‌كرده‌بود.
چينش جمله‌هاي اعلاميه به گونه‌‌اي بود که اعتراض صادرکنندگان به‌وضوح مشاهده مي‌شد. با گذشت مدتي، نيروهاي شهرباني که تداوم جلسه‌ي ترحيم را به مصلحت ندانستند و از شورش و اعتراض مردم هراس داشتند، به مسجد وارد شدند و تصميم گرفتند مجلس را برهم زنند. ورود غافلگيرانه آنان ـ آن هم با کفش ـ به مسجد اعتراض حضار را به‌دنبال داشت.
نظام‌الدين ملازاده که خود در مجلس بود درباره‌ي جزئيات وقایع آن روز چنين مي‌‌گويد: «...ما وارد مسجد جامع شديم و قرآن را به‌دست گرفتيم براي خواندن. نيروهاي شهرباني آمدند و به ما گفتند: بيرون برويد، ما امتناع کرديم. آنها به زور قرآن‌ها را از دست افراد مي‌‌گرفتند. دراين‌موقع، علي‌اصغر صفّار با عصبانيت گفت: مگر شما مسلمان نيستيد؟ اين اهانت به قرآن است. چرا با کفش وارد مسجد شديد؟ اينجا خانه‌ي خدا و احترامش واجب است...».
ورود نيروها به يکي از شبستان‌هاي مسجد باعث شد تا افراد دست‌اندرکار به‌سرعت اعلاميه‌‌هاي پخش‌شده را جمع‌‌آوري و اعلاميه ترحيم ميرزا اسدالله فاضلي را بين مردم پخش كنند و با اين کار مأموران شهرباني را دچار نوعي گمراهي كنند. هرچند هتاکي و جسارت مأموران باعث شد تا عده‌‌اي از حضار از ترس مسجد را ترک کنند.
با گذشت چند روز، مجلس ترحيم ديگري در مسجد جامع برگزار شد. سخنران اين جلسه سيدعباس افتخاري از وعاظ سبزوار بود. واعظ مزبور که موقعيت را مناسب ديد موضوع سخنانش را به مظلوميت حاج آقا مصطفي و اخلاق و خصوصيات ايشان اختصاص داد. ايشان در ادامه‌ي سخنراني، تبعيد امام از کشور را محکوم کرد. نامبرده اقدامات رئيس شهرباني سبزوار را در درگيري با برگزارکنندگان مجلس ترحيم پيشين محكوم كرد. روز پس از سخنراني، شهرباني افتخاري را بازداشت و بازجويي كرد؛ اما اعتراض همه‌ي علما به اين اقدام باعث شد تا وي آزاد شود.
با گذشت چند روز از شهادت حاج آقا مصطفي، حوزه‌ي علميه‌ي سبزوار همچنان در حالت نيمه‌تعطيل به‌سرمي‌‌برد. به تبع آن بازاريان، که ارتباط وثيقي با بيوت علما داشتند، مغازه‌‌ها را به نشانه‌ي اعتراض بستند و در منازل روحانيان شهر گرد آمدند. علاوه بر مجلس سوگواري و ترحيم در مساجد، مجالسي هم در منازل و به‌طور مخفيانه برگزار شد. در اين مجالس، تصميم بر آن شد تا تظاهراتی در اعتراض به اين حادثه‌ي صورت گيرد؛ اما چون مسببان راهپيمايي احتمال مي‌‌دادند كه شهرباني واكنش نشان دهد با حجت‌الاسلام علوي مشورت‌هايي براي مقابله با اين موضوع صورت پذيرفت. با وجود اين تمهيدات با ورود مردم به خيابان‌ها، نيروهاي شهرباني وارد عمل شدند و مردم را مورد ضرب‌وشتم قرار دادند. ازجمله شعارهايي که مردم در اين راهپيمايي سر دادند و با علت برپايي تظاهرات نيز سنخيت داشت اين جمله بود: «جان ما فدايت، همچو مصطفايت... الله‌اکبر.»