علت عمده مرجعیت امام از نظر ساواک «سمبل واجد صلاحیت مخالفین» رژیم بوده است.
بعد از مصاحبه «اسدالله علم» نخست‌وزیر و تهديد او مبنی بر محاکمه امام در دادگاه‌های نظامی و بی‌توجهی نمایندگان دولت در مذاکره با علما به این امر مهم، عده‌ای از مبارزین و علما به این نتیجه رسیدند که بهتر است رسما مرجعیت امام، مورد تأیید سایر مراجع تقلید قرار بگیرد تا دولت بهانه‌ای در مورد عدم شناخت موضوع نداشته باشد.
به علاوه این اقدام می‌توانست هم جنبه تبلیغاتی در داخل و خارج از کشور و هم وسیله‌ای برای فشار بیشتر به دولت برای آزادی امام گردد.
مقامات رژیم شاه سعی داشتند که بگویند «مقامات مذهبی اقدامات [امام] خمینی را تأیید نمی‌کنند و در پاسخ قرار شد کلیه روحانیون درجه اول ایران در شهرهای مختلف با صدور اعلامیه‌هایی حمایت خود را از [امام] خمینی و اقدامات او تأیید کنند و در کشورهای اسلامی دیگر همین اقدامات از طرف رهبران مذهبی به عمل خواهد آمد...»
در اعلامیه‌ای که در اواسط تیر ماه 42 و در زمان مذاکرات دولت با مراجع و علما منتشر شد صریحا مرجعیت امام مورد تأیید قرار گرفت. آیت‌الله میلانی (ره) در پاسخ به سؤال راجع به مقام و شخصیت حضرت امام» نوشت:
حضرت حجت‌‌الاسلام و المسلمین آیت‌الله آقای حاج آقا روح‌الله خمینی از مفاخر عالم اسلام و یکی از مراجع تقلید می‌باشند. موقعیت دینی و شخصیت اسلامی ایشان بر کسی پوشیده نیست. متعجبم چرا چنین سؤالی می شود.»
آیت‌الله نجفی(ره) نوشت: «... یکی از مراجع عالم تشیع هستند، از اساطین روحانیت اسلام و مفاخر عالم تشیع بوده...»
بی‌توجهی سران هیئت حاکمه به خواسته مراجع و تداوم اقدامات سرکوبگرانه و تشدید خفقان باعث شد که «فتوای آیت‌الله خویی که در آن مأمورین و کارکنان دولت را از انجام کارهای دولتی منع کرده» مجددا چاپ شود و تعدادی از مراجع و علما تصمیم به مصاحبه مطبوعاتی با حضور نمایندگان خبرگزاری‌های داخلی و خارجی و نمایندگان مطبوعاتی سفارتخانه‌ها و اعلامیه‌ای که در مورد وقایع ۱۵ خرداد و خواسته‌های روحانیون تهیه و به زبان انگلیسی در اختیار آنان قرار دهند...» گرفتند.
گزارش هفتگی اداره بررسی‌های ساواک در 42/5/12 وضعیت سیاسی کشور را مورد تجزیه و تحلیل قرار داد و چند مسئله مهم و از جمله تأیید مرجعیت امام را به مثابه مسائل روز مطرح کرد.
«... اخیرا اعلامیه دیگری نیز صادر شد که طی آن آیات عظام شریعتمداری، میلانی، نجفی مرعشی و آملی مقام علمی و مرجعیت آیت‌الله خمینی را تأیید کرده‌اند... «آیت الله شریعتمداری در اعلامیه خود می‌گوید: مطابق مفهوم اصل دوم متمم قانون اساسی علمای طراز اول مصونیت دارند و حبس و تبعید آنان مخالف قانون است. زیرا آنان در قوانین مصوبه مجلسین از نظر موافقت یا مخالفت با شرع حق رد و قبول دارند... در جایی که وکلا مصونیت داشته باشند آیا ممکن است حکام شرع که قانونا حاکم بر مجلسین هستند مصون نباشند.»
همچنین گزارش کاردار سفارت ایران در عراق حاکیست که تبلیغات مخالفین دولت ایران در کشور عراق به شدت ادامه دارد ولی نماینده آیت‌الله حکیم با مشاهده این ملاقات از قول آیت‌الله اظهار داشته... اگر به نحوی احترام روحانیت اعاده و معلوم شود که دولت شاهنشاهی پشتیبان روحانیت است و بین دولت و روحانیون جدایی نیست موجب امتنان روحانیون و تسکین افکار خواهد گشت...».