پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آیت‌الله فضل‌الله محلاتی در کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است، درباره شخصیت و مبارزات آیت‌الله سید مصطفی خمینی می‌گوید: ما از بچگی با همدیگر بزرگ شدیم، دوران طلبگی با هم بودیم، بعدها هم با هم بودیم. گردش‌ها اگر بود با هم بودیم. برای مباحثه، درس امام با هم بودیم، اصلاً با هم بزرگ شدیم. مبارزه هم که شروع شد ما همیشه با هم بدون استثنا مرتبط بودیم و موقعی که ایشان به ترکیه تبعید شدند و بعد به نجف آمدند باز در ارتباط با ایشان و کارهای ایشان بودیم.
 
بعد که من نجف رفتم یک شب یادم هست تا نزدیک صبح دو نفری نشسته بودیم راجع به برنامه‌های مبارزه صحبت می‌کردیم. یادم هست که اوراقی پیش ایشان بود، تلگرافاتی پیش ایشان بود همه را به من نشان داد که در ارتباط با خارج کشور و گروه‌هایی که فعالیت می‌کردند بود. معلوم شد که تمام برنامه‌های خارج از کشور زیر نظر ایشان بود، در عین حال که درس می‌گفت، درس می‌خواند، یک بازوی قوی برای امام در مبارزه بود. بینش بسیار خوبی داشت و همان خطی که امام در مبارزه با شاه و مبارزه با استبداد و استعمار آمریکا داشت آقا مصطفی هم با شدت آن خط را داشت.