پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ خبر شهادت اسرارآمیز آیت‌الله سید مصطفی خمینی در اول آبان‌ماه 1356 در نجف، به سرعت در همه شهرهای ایران بازتاب يافت. مردم ایران در سراسر کشور به شیوه‌های مختلف به این واقعه واکنش نشان می‌دادند. برگزاری مراسم ترحیم و بزرگداشت برای فرزند ارشد امام در اغلب شهرها و استان‌های ایران برگزار شد. این واکنش‌ها در مشهد، که به دلیل حضور مبارزین نام‌دار، یکی از پایگاه‌های مبارزه علیه رژیم پهلوی بود، نمود بارزتری داشت.

چنانچه در کتاب "مشهد از مقاومت تا پیروزی" که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده آمده است، ابتدا آيت‌الله سيدعلي خامنه‌اي خبر شهادت آقا مصطفی خمینی را دریافت کرد و با استفاده از تلفن به اغلب مبارزان شهر انتقال داد.

نخستین واکنش به شهادت آقا مصطفی در مشهد، تعطیلی حوزه علمیه بود. بر این اساس، حوزه علميه مشهد به مدت دو روز تعطيل شد و به دنبال آن مجالس ترحیم نیز به راه افتاد. یکی از این مراسم‌ها در مسجد حاج ملاهاشم برگزار شد. روز سوم آبان، آیت‌الله خامنه‌ای، حجت‌الاسلام هاشمي‌نژاد و تني چند از روحانیون مبارز مشهد، در منزل آيت‌الله واعظ طبسي براي تصميم‌گيري درباره برپایی مراسم تجليل از آقا مصطفي گرد هم آمدند و چند روز بعد مجلس ترحیمی در مشهد برپا شد.

روز ششم آبان‌ماه، بعد از نماز مغرب به مناسبت هفتمين شب شهادت ايشان مجلس ترحيمي از سوي روحانيت مبارز خراسان با شركت حدود هشتصد نفر در مسجد ملاهاشم واقع در خيابان نادري مشهد برپا شد. علاوه بر این، مجالس دیگری نیز در مشهد برپاشد که نشان از عمق ارادت مردم مشهد نسبت به امام خمینی داشت.