پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ در روز 8 شهریور سال 1360 در یک اقدام تروریستی بی‌سابقه جلسه شورای امنیت کشور با حضور رئیس جمهور و نخست وزیر منفجر شد. در این عملیات محمدعلی رجایی رئیس‌جمهور و محمدجواد باهنر نخست‌وزیر به شهادت رسیدند. روز بعد از انفجار تحلیل‌گران غرب و شرق این انفجار را نشانه پایان عمر نظام جمهوری اسلامی تلقی کردند.
انفجار دفتر نخست‌وزیری و آغاز بحران
9 شهریور 1360 یعنی روز بعد از انفجار دفتر نخست‌وزیری رادیو صدای آلمان (کلن) انفجار دفتر نخست‌وزیری را در راستای براندازی کامل نظام جمهوری اسلامی تحلیل و اعلام کرد: «هدف اصلی عاملین انفجار مرکز حزب جمهوری اسلامی یعنی به هلاکت رساندن یک‌باره کلیه رهبران این حزب تحقق نیافته بود و از این جهت می‌شد حساب نمود که عاملین سوء قصد گذشته کوشش خواهند کرد به هدف خود دست یابند». در همین روز رادیو اسرائیل نیز اعلام کرد: خانم آزاده شفیق در پاریس گفته رژیم کنونی ایران در حال احتضار قرار دارد.
رسانه‌های فرانسه نیز با پوشش خبری اظهارات آزاده شفیق خواهرزاده محمدرضا پهلوی اعلام کردند: در محافل سلطنت‌طلب درباره بمب‌گذاری دیروز تهران گفته شد: «ساعت آزادی ایران نزدیک است». این خبرگزاری ادامه داد: «آزاده شفیق خواهرزاده محمدرضا پهلوی اعلام کرد رژیم [امام] خمینی در حال سقوط است و عملیات ارتش شاهنشاهی در خارج از ایران اثر قاطعی در داخل ایران برجای می‌گذارد.» همچنین رسانه‌های فرانسوی به نقل از شاپور بختیار اعلام کردند: رژیم تهران در حال سقوط است.
رسانه‌های امریکایی نیز بعد از این فاجعه مصاحبه‌هایی با شخصیت‌های برجسته مخالف نظام جمهوری اسلامی در خارج از کشور از جمله خاورشناسان، ایران شناسان، استادان دانشگاه‌های معروف و روسای بخش‌های مطالعات خاورمیانه دانشگاه‌ها پخش نمودند و با شانتاژهای خبری این انفجار را نشان دهنده پایان عمر نظام تلقی می‌کردند. از طرف مصاحبه‌گران دائم این سؤال مطرح می‌شد که اکنون دو شخصیت برجسته از صحنه خارج شده‌اند، حال امور نظامی جمهوری اسلامی و نظام جمهوری اسلامی تا چند ماه دیگر دوام می‌آورد؟ اکثریت قریب به اتفاق این تحلیل‌گران ادعا می‌کردند که نظام در شرف انقراض و نابودی است و آینده ایران پر از هرج و مرج خواهد بود.
علاوه بر این سایر رسانه‌های جهانی نیز این انفجار را به مثابه پایان عمر نظام اسلامی می‌دانستند. الاهرام در تفسیری نوشت: کشته شدن رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر ایران در جریان انفجار بمب روز یک‌شنبه نشان داد که دولت پلیسی جدید شکست خورده است. روزنامه الاخبار قاهره نیز نوشت بمب‌گذاری ثابت می‌کند که مردم ایران از مبارزه بر علیه قدرت آیت‌الله خمینی پشتیبانی می‌کنند.
خبرگزاری فرانسه نیز به نقل از اطرافیان بنی‌صدر در پاریس اعلام کرد: بمب‌گذاری اخیر تهران «رژیم آیت‌الله خمینی را یک قدم دیگر به عقب راند». این منابع خبری افزودند، زمانی که دیگر کسی در اطراف آیت‌الله خمینی نباشد وی ناگزیر از تسلیم است.
نیویورک تایمز نیز در سرمقاله خود با عنوان «ایران، ایران را منفجر می‌کند» نوشت: «با مرگ آخرین رئیس جمهور نخست‌وزیر ایران در اثر بمب‌گذاری نام دو تن از پنج نفری که اسمشان در لیست مرگ بنی‌صدر جای داشت حذف می‌شود». خبرگزاری فرانسه در خبری دیگر با اشاره به شهادت شهید رجائی و شهید باهنر نوشت: «در رأس هرم قدرت اسلامی خلا خاصی به وجود آمده است».
ناامیدی منافقین و رسانه‌های غربی
صبح روز 9 شهریور همزمان با تشییع شهدای انفجار نخست‌وزیری امام خمینی در جمع اقشار مختلف مردم، طی سخنانی در مورد اشتباه محاسباتی طراحان عملیات تروریستی فرمودند: «اینها یک اشتباه دارند و آن اینکه شناخت از اسلام و شناخت از ایمان و شناخت از ملت اسلامی ما ندارند. آنها گمان می‌کند که با ترور شخصیت‌ها، می‌توانند با این ملت مقابله کنند، و ندیدند و کور بودند که ببینند که در هر موقعی که ما شهید دادیم، ملت ما منسجم‌تر شد».
ایشان ادامه دادند: «این ملت را با ترور نمی‌شود عقب راند... آن کوردلانی که گمان کرده‌اند که جمهوری اسلامی با نبود چند نفر از بین خواهد رفت و سقوط خواهد کرد، آنها افکارشان، افکار اسلامی نیست... افکار مادی [است] و برای دنیا کار می‌کنند... ملت ما آرام است، دلش مطمئن است به اینکه وقتی که این شهدا نباشند به جای آنها، داوطلبانی برای شهادت حاضر در صحنه هستند...»
امام خمینی با سخنرانی در جمع مردم توطئه دشمنان را خنثی کرده و بر دل مردم نور امید تاباندند. بلافاصله شوراي موقت رياستجمهوري تشكيل شد. اعضای شورا آيت‌الله عبدالكريم موسوی اردبيلی و حجت‌الاسلام هاشمي رفسنجاني بودند. عضو سوم شورا كه نخست‌وزير (محمدجواد باهنر) بود به شهادت رسيده بود، لذا با تأييد شوراي نگهبان با حضور دو عضو شوراي موقت، اكثريت آن تحقق يافت و تصميمات آن جنبه قانوني پيدا كرد. اقدام مهم ديگر، تلاش براي انتخاب و معرفي نخست‌وزير بود. هاشمي رفسنجاني در خاطرات خود مي‌گويد: «سياست امام اين است كه جای نيروهای از دست رفته سريعاً پر شود و پست‌ها فاقد مسئول نماند و لذا در همان ساعات اول، علي‌رغم داغداری و مصيبت اقدام می‌شود».
با توجه به اهميت و حساسيت زمان، همان‌گونه كه انتخاب آيت‌الله مهدوي‌كني به مقام نخست‌وزيري در سريع‌ترين زمان ممكن انجام گرفت و مجلس شوراي اسلامي نيز به آن رأي اعتماد قاطع داد، كابينه وي نيز با همان سرعت تشكيل شد. به گفته مرحوم هاشمی رفسنجانی: «با آقايان مهدوي [كني] و [موسوی] اردبيلي، درباره كابينه، مخصوصاً وزير كشور و وزيران، خيلي سريع توافق كرديم و كابينه كاملي براي اولين بار در تاريخ انقلاب تصويب كرديم و آقاي مهدوي، كابينه را به مجلس معرفي كرد. اين كارها در ظرف يكي دو ساعت انجام شد.»
حضور مردم در مراسم تشییع شهدا، میخ دیگری بر تابوت دشمنان نظام کوبید و نشان داد مردم در هر شرایطی پای نظام ایستاده‌اند. چنانکه حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی می‌گوید: «...شما دیدید که چه جور مردم آمدند... رادیو لندن هم که همیشه حقایق را تحریف می‌کند مجبور می‌شود خیلی که دست کم بگیرد، بگوید که بیش از یک میلیون نفر جمعیت [شرکت کردند] ... دیروز هیچ کس نگفت، امام هم نگفته بودند، تبلیغ هم نشده بود، ائمه جماعت هم نگفته بودند، رادیو هم نگفت مردم بیایید. مردم خودشان بودند. این، مردمند، و این، جامعه است. دشمن هرچه کور باشد این را می‌فهمد و می‌بیند...»