پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ در 23 مرداد ماه 1381؛ خبرنگاران در هتل «ویلارد» واشنگتن برای ارسال یک خبر بسیار مهم لحظه‌شماری می‌کنند؛ خبر را «علیرضا جعفرزاده» سخنگوی گروهک تروریستی منافقین افشا می‌کند؛ او تصاویری از 3 نقطه نطنز، اصفهان و اراک به نمایش می‌گذارد و مدعی می‌شود ایران به طور مخفیانه در دو نقطه تاسیسات غنی‌سازی اورانیوم و در اراک نیز راکتور آب سنگین دارد. این خبر به شدت با استقبال امریکایی‌ها روبرو می‌شود و جنجال‌های رسانه‌ای و سیاسی در این زمینه گسترش می‌یابد.

اسفندماه 81 ،«محمد البرادعی» مدیرکل سابق آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در سفر به ایران، ضمن بازدید از تاسیسات ھسته‌ای، تایید کرد تاسیسات نطنز و اراک، استفاده‌ای صلح‌آمیز داشته و ادعاھای مطرح‌شده درباره استفاده غیرصلح‌آمیز ایران از این تاسیسات، غیرقابل استناد است.

پس از پیروزی آمریکا در جنگ عراق، واشنگتن البرادعی را تحت فشار می‌گذارد تا پرونده هسته‌ای ایران را در دستور شورای حکام قرار دهد. در نهایت تداوم جنجال‌های رسانه‌ای و تبلیغاتی باعث می‌شود تا جلسه شهریورماه شورای حکام آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، قطعنامه پیشنهادی 3 کشور کانادا، استرالیا و ژاپن تصویب و به ایران مهلت داده شود تا در کمتر از 50 روز به تعهدات خود در مورد کنترل برنامه اتمی‌اش عمل کند و تمامی نارسایی‌هایی را که آژانس تشخیص داده، برطرف و پروتکل الحاقی را امضا کند.

در نهایت در 14مهر ماه سال 82 با پیشنهاد خاتمی، رییس دولت اصلاحات، حسن روحانی که دبیر شورای عالی امنیت ملی نیز بود از سوی رهبر انقلاب مسئول ارشد مذاکره‌کننده هسته‌ای می‌شود و از این دوره به بعد چندین دوره مذاکره طرف ایرانی و طرف غربی آغاز می‌شود.

پیش از آغاز مذاکرات تهران با سه کشور اروپایی، تعدادی از نمایندگان اصلاح‌طلب طرح 3 فوریتی برای الزام دولت به پذیرش پروتکل الحاقی را امضا کرده و در پی آن بودند تا آن را تقدیم مجلس کنند. جدای از این پیش از ورود طرف مذاکره‌کننده غربی، رئیس‌جمهور در مصاحبه مطبوعاتی اعلام کرده بود که تعلیق را می‌پذیریم.  بعد از این ماجرا، حسن روحانی خطاب به تیم مذاکراتی می‌گوید: «در مورد پروتکل که در مجلس طرح سه فوریت تهیه کرده‌اند، تعلیق را هم که رئیس‌جمهور اعلام کرده، من دیگر قرار است بر سر چه موضوعی مذاکره کنم.»

سرانجام 29 مھرماه 82،«بیانیه سعدآباد» به تایید طرفین رسید. مطابق این بیانیه، غنی‌سازی در ایران تعلیق و پروتکل الحاقی به امضا رسید. در مقابل، 3 کشور اروپایی تعھد دادند زمینه دستیابی آسان ایران به فناوری مدرن، احترام به حق ھسته‌ای ایران و عدم مخدوش کردن وقار و امنیت ملی ایران و مذاکره با تھران بر سر ارتقای امنیت منطقه را در دستور کار قرار دھند.

چهار ماه پس از مذاکرات تهران، در 4 اسفند 1382، تیم هسته‌ای در سفر به بروکسل دو دور مذاکره انجام می‌دهد. در دوره نخست طرفین به توافقی کلی مبنی بر اینکه ایران تعلیق را در چارچوبی که آژانس تعریف کرده، می‌پذیرد و آن‌ها هم به تعبیر حسن روحانی «پرونده هسته‌ای ایران را در ژوئن 2004 از دستور اضطراری شورای حکام خارج می‌کنند.» اما واقعیت این است که در این موافقت‌نامه تعهدات ایران به صورت بسیار شفاف و اجرایی و تعهدات سه کشور اروپایی در قالب موارد کلی و غیراجرایی مورد اشاره قرار می‌گیرد. تهران تعهد می‌کند که «اظهارنامه‌ها را بر طبق پروتکل الحاقی و راستی آزمایی آنها توسط آژانس ارائه دهد. تعلیق مونتاژ و آزمایش سانتریفیوژها، تعلیق ساخت داخلی قطعات سانتریفیوژ، اعمال تعلیق فعالیت‌های غنی سازی نسبت به تمامی تاسیسات موجود در ایران.» اروپا نیز متعهد می‌شود که «برای شناسایی تلاش‌های ایران در اجلاس ژوئن 2004 شورای حکام به منظور عادی کردن اجرای پادمان‌ها و پروتکل الحاقی در ایران به صورت فعال کار کند.

علی‌رغم این توافق، نه تنها موضوع هسته‌ای ایران در اجلاس ژوئن 2004 شورای حکام از دستور کار خارج نمی‌شود بلکه قطعنامه شدیداللحنی نیز علیه ایران در این اجلاس تصویب می‌شود. کشورهای غربی و آمریکا حتی در دو اجلاس بعدی شورای حکام در سال 2004 یعنی سپتامبر و نوامبر نیز علیه ایران قطعنامه صادر می‌کنند. این در حالی است که در این مقاطع تمامی فعالیت‌های مرتبط با غنی‌سازی در ایران به حالت تعلیق درآمده و پروتکل الحاقی نیز در حال اجرا است.

عدم تعهد طرف اروپایی به تعهداتش موجب می‌شود ایران به نشانه اعتراض، پس از صدور قطعنامه سوم در ژوئن 2004، اعلام کند که دیگر به تعهداتش عمل نمی‌کند. با این وجود غلامرضا آقازاده «20 فروردین83» اعلام می‌کند ایران به صورت داوطلبانه تولید سانتریفیوژ را تعلیق می‌کند. با این وجود باز هم طرف مقابل فشار بر ایران را جایگزین عمل به تعهدات خود می‌کند و نتیجه این اقدامات این می‌شود که نهادهای عالی‌رتبه درون ایران خواستار واکنش سریع به خلف وعده طرف مقابل می‌شوند. ایران هم مردادماه 83 تولید سانتریفیوژ در نطنز را دوباره آغاز می‌کند و این اقدام باعث می‌شود شورای حکام در قطعنامه‌ای ایران را تهدید به ارجاع پرونده‌اش به شورای امنیت سازمان ملل کند. آنان برای وادار کردن ‌ایران به تعلیق همه فعالیت‌های غنی‌سازی خود، یک ضرب‌الاجل 3 ماهه قرار می‌دهند. بر اساس این ضرب‌الاجل در صورتی که ایران تا تاریخ 25 نوامبر 2004 (5 آذر 83)، فعالیت‌های تاسیسات نطنز را تعلیق نکند، پرونده به شورای امنیت ارجاع می‌شود. همین مساله زمینه‌ساز مذاکرات بعدی می‌شود.

دور دیگر مذاکرات ایران و اروپا 28 اکتبر 2004 (6 آبان 83) در وین آغاز می‌شود. اتحادیه اروپا بر تعلیق نامحدود یا دائم همه فعالیت‌های مربوط به غنی‌سازی پافشاری می‌کند در حالی که ایران توقف دایم را قابل مذاکره نمی‌داند ولی در عین حال اعلام می‌کند در خصوص چگونگی تعلیق موقت و داوطلبانه حاضر به گفت‌و‌گو و سازش است.

برمبنای این رویدادها سفرای فرانسه آلمان و انگستان در تهران ساعت 9صبح سه شنبه 13 آبا ن83 طرحی را تقدیم ایران می‌کنند و در مقابل تهران با رد طرح مزبور پیشنهاد جایگزینی را در ساعت 20 چهارشنبه 13‌ آبان 83 تحویل سفرای سه کشور می‌دهد.

این موافقت‌نامه در حالی شکل می‌گیرد که طرف اروپایی به تعهد خود مبنی بر عادی کردن موضوع هسته‌ای ایران در اجلاس ژوئن 2004 شورای حکام عمل نمی‌کند. از طرف دیگر، سه کشور اروپایی دنبال این هستند که تعلیق را تا حد اعلای آن گسترش دهند. ایران در این توافقنامه به عنوان اقدامی داوطلبانه در جهت اعتمادسازی -و نه به عنوان یک تعهد قانونی - می‌پذیرد که کلیه فعالیت‌های مربوط به غنی‌سازی و بازفرآوری مانند ساخت، تولید، نصب، آزمایش، سرهم‌بندی و راه‌اندازی سانتریفیوژهای گازی، و فعالیت‌های مربوط به جداسازی پلوتونیم را متوقف کند.

یک هفته پس از مذاکرات، تهران فعالیت‌های تاسیسات هسته‌ای UCF را به حالت تعلیق درمی‌آورد و این در حالی است که فعالیت‌های تبدیل اورانیوم، طبق نظر فنی آژانس جز فعالیت‌های غنی‌سازی اورانیوم محسوب نمی‌شود. اما کشورهای اروپایی از ادامه این بازی خوششان آمده است، چند روز پس از تعطیلی تاسیسات اصفهان بدون توجه به موافقت‌نامه پاریس، آژانس بین‌المللی انرژی اتمی با توجه به گزارش 15 نوامبر مدیرکل، در پایان نوامبر تشکیل جلسه می‌دهد و قطعنامه‌ای را در 29 نوامبر 2004 (‌8 آذر 1383) تصویب می‌کند که برخلاف انتظار ایرانی‌ها، بسیار انتقادی و ناامیدکننده است. در واپسین لحظات تصویب قطعنامه هم ایران اعلام کرد که قصد دارد 20 سانتریفیوژ خود را برای امور پژوهشی از تعلیق خارج کند اما این اقدام با فشار غربی‌ها عملیاتی نشد.

پس از توافق پاریس غربی‌ها بحث راکتور آب سبک را مطرح می‌کنند و به ایران می‌گویند «تحویل راکتور آب سبک در برابر توقف ساخت راکتور آب سنگین است». در مرحله بعدی که با اروپایی‌ها در زمینه مقدمات خرید راکتور آب سبک بحث شد، غربی‌ها به مقامات ایرانی اعلام می‌کنند که «راکتور آب سبک نداریم! شرکت‌های ما دارند و ما که نمی‌توانیم آن شرکت‌ها را ملزم کنیم به شما راکتور بدهند. بلکه می‌گوئیم از نظر ما بلامانع است و خودتان با آن‌ها مذاکره کنید». جالب این است که این شرکت‌ها نیز از آنجایی که با آمریکا معاملات کلانی دارند، بدون موافقت آن کشور کاری انجام ندادند و عملاً تهران نمی‌تواند هیچ راکتوری را خریداری کند.

در مقطع زمانی اوایل سال 84 و پس از توافقنامه‌هایی که در پاریس و بروکسل بین طرف ایرانی و اروپایی امضا شد، دولت‌های اروپایی جدیت زیادی برای اجرای تعهداتی که بر عهده داشتند، نشان ندادند و به دنبال تلف کردن وقت تا معلوم شدن تکلیف انتخابات ریاست جمهوری سال 84 شدند. در همین زمان، مسئول تیم مذاکراتی طرحی چهارمرحله‌ای تهیه کرده بود؛ این چهار مرحله عبارت بود از:

1- راه‌اندازی UCF اصفهان، در برابر تصویب پروتکل الحاقی در هیئت دولت؛

2- مونتاژ و نصب 3000 سانتریفیوژ در نطنز، در برابر تقدیم لایحه پروتکل الحاقی به مجلس؛

3- راه‌اندازی پایلوت نطنز، در برابر استقرار بازرسان در تأسیسات هسته‌ای ایران؛

4- غنی‌سازی صنعتی نطنز، در برابر تصویب پروتکل الحاقی در مجلس

اما این طرح با عکس‌العمل جالب مسئولان اروپایی روبرو شد؛ اروپایی‌ها در جواب این طرح، اقدام به طراحی 100 سؤال در این باره کردند و با این اقدام به دنبال اتلاف وقت بودند. روحانی در صفحه 485 خاطرات هسته‌ای خود می‌نویسد: «...به نظر می‌رسد پس از طرح 100 سؤال از طرف اروپایی‌ها در مورد طرح چهارمرحله‌ای در جلسه کارگروه هسته‌ای 30/1/1384، اکثر مسئولین نسبت به دستیابی به توافق سریع با اروپا مأیوس شده بودند و می‌گفتند به‌کارگیری این‌گونه شیوه‌ها برای اتلاف وقت است، چون طرح این 100 سؤال نسبت به طرح چهارمرحله‌ای چندان موجه به نظر نمی‌رسید.»

این اتفاقات و اتلاف وقت غربی‌ها باعث شد که مقام معظم رهبری تصمیم به راه‌اندازی مجددUCF اصفهان گرفتند. روحانی در صفحه 484 خاطرات خود درباره جلسه خصوصی‌اش با رهبری می‌نویسد: «در تاریخ 6/2/1384 مصادف با 17 ربیع‌الاول پس از دیدار کارگزاران نظام با مقام معظم رهبری، دیدار خصوصی کوتاه ولی سرنوشت‌سازی با ایشان داشتم. در آن دیدار، مقام معظم رهبری فرمودند نظرشان این است که UCF اصفهان راه‌اندازی شود. در واقع، حرکت جدید از اینجا آغاز شد.»

مقام معظم رهبری دو سال بعد در دیدار با دانشجویان دانشگاه‌های یزد در این رابطه فرمودند: «در مسئله هسته‌ای، آمریکایی‌ها تا همین چند ماه پیش اصرار، اصرار که باید ایران به‌کلی همه فعالیت‌های هسته‌ای را کنار بگذارد؛ یعنی، مثل آن کاری که با لیبی کردند؛ ته‌اش را جارو کند، تقدیم کند به آن‌ها؛ به‌کلی اعلام انصراف کند. اخیراً وضع به‌جایی رسیده که گفتند ایران در همین حدّی که هست، توقّف کند. ببینید فاصله این‌ها خیلی زیاد است. یک روزی حاضر نبودند پنج سانتریفیوژ را تحمّل کنند. مسئولین مذاکره با اروپا حاضرشده بودند 20 تا سانتریفیوژ را نگه‌دارند، آن‌ها گفته بودند، نمی‌شود؛ گفته بودند لااقل پنج‌تا، گفته بودند نمی‌شود. اگر می‌گفتند یکی، بازهم می‌گفتند نمی‌شود! امروز 3000 تا سانتریفیوژ دارد کار می‌کند، مبالغ زیادی هم آماده کار گذاشتن است. می‌گویند در همین حدّ متوقف شوید. این هم یکی از ناکامی‌های آمریکاست. این فرایند عقب‌نشینی البتّه برای ما یک فایده‌ای هم داشت: اینکه خودمان هم وعده‌ها و حرف‌های رقبای غربی و اروپایی را تجربه کردیم و هم افکار عمومی دنیا تجربه کرد. لکن عقب‌نشینی بود دیگر ... من همان وقت در جلسه مسئولین گفتم اگر چنانچه بخواهند به این روند مطالبه پی‌درپی ادامه بدهند، من خودم وارد میدان می‌شوم. همین کار را هم کردم. بنده گفتم که این روند عقب‌نشینی باید متوقف و تبدیل شود به روند پیشروی و اولین قدمش هم باید در آن دولتی انجام بگیرد که این عقب‌نشینی در آن دولت انجام گرفت و همین کار هم شد.»