پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ دوم فروردین 1342 و همزمان با سالروز شهادت امام صادق(ع)، رژیم پهلوی با برنامه‌ریزی قبلی درصدد تشدید فضای خفقان و سرکوب مبارزات مراجع، علما و طلاب برآمد. به همین جهت فاجعه‌ای در مدرسه فیضیه قم به وجود آورد که ابعاد گسترده آن برای همیشه ماندگار شد.
مصطفی حائری‌زاده در بخشی از کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده درباره فاجعه فیضیه و واکنش امام خمینی به آن می‌گوید: خبر هجوم به فیضیه و کشتار طلاب که به ما رسید، عده‌ای حدود پنجاه شصت نفر به منزل امام رفتیم تا از ایشان در برابر حوادث احتمالی محافظت کنیم. مرحوم مهدی عراقی هم در میان ما بودند. با آن‌ها در خانه را بستیم و یک الوار پشت در گذاشتیم. منزل امام از در حیاط دو، سه پله می‌خورد تا وارد حیاط می‌شدی هشتی کوچکی داشت و امام در اتاقی که درست روبه روی در حیاط بود می‌نشستند؛ به طوری که عابران کوچه هنگام رد شدن، ایشان را می‌دیدند.
آن روز همه ما در تکاپو بودیم. در حیاط را بستیم و الواری که از زیرزمین آورده بودیم، پشت در گذاشتیم. یکی بالای پشت‌بام کشیک می‌داد و دیگری سر کوچه را می‌پایید. ناگهان صدای امام را شنیدیم که چرا در را می‌بندید؟ در را باز کنید. امام زودتر از همه ما از حادثه فیضیه باخبر شده بود. با این حال، شهید عراقی خطاب به ایشان گفتند: «مأمورها به مدرسه فیضیه ریخته‌اند. دارند طلاب را می‌کشند. تیراندازی شده و...»
امام فرمود: « بسیار خوب! خون ما که از خون آن‌ها رنگین‌تر نیست. در را باز کنید. چرا در را بستید». ما قدری تعلل کردیم و تردید داشتیم. تا اینکه سرانجام امام خودشان در را باز کردند. بعد فرمود لنگه دیگر در را هم بگشاییم. سپس خودشان هم در اتاق روبه روی کوچه، چهار زانو نشستند و امر کردند: «همه شما بروید. هیچ کس اینجا نباشد». هیچ یک از ما دلش نمی‌آمد که در چنین شرایط خطرناکی بیت امام را ترک کند، و اگر چه جز به دو تا اسلحه کمری زنگ زده، چیزی برای دفاع نداشتیم، می‌خواستیم در آنجا بمانیم تا در صورت بروز حمله، از امام دفاع کرده باشیم. اما امام بار دیگر با تأکید فرمود: «نبینم هیچ کس در حیاط بماند».
همگی از حیاط خارج شدیم. اما سر کوچه ایستادیم و چند تا از بچه‌ها هم به پشت‌بام رفتند تا مراقب باشند. اما حاج مهدی عراقی گفت من نمی‌آیم، شماها بروید. من اینجا هستم. اگر اتفاقی افتاد می‌روم و خودم را سپر بلای حاج آقا می‌کنم تا آن‌ها مرا بکشند. او خودش بعدا نقل می‌کرد که در گوشه حیاط، پای دیوار نشسته بودم که امام برخاسته و گشتی در اتاق‌ها و حیاط زدند؛ مرا که دید، پرسید: «آقا مهدی! شما که هنوز اینجا هستید! مگر نگفتم همه بروید؟». من گفتم: «حاج آقا اگه همه هم بروند، من نمی‌روم. من اینجا می‌مانم». امام خندید و به سر جایش در اتاق برگشت.
تهدید رئیس شهربانی توسط امام خمینی پس از فاجعه فیضیه قم
تا یکی دو روز بعد از فیضیه، اوضاع همچنان ناآرام بود؛ مراجع اعلان ختم کردند؛ بیمارستان‌ها پر شد؛ قم وضعیت بدی داشت و اتوبوس‌ها دستور داشتند روحانیانی که عازم قم بودند، سوار نکنند. بعدا شنیدیم حضرت امام به رئیس شهربانی پیغام فرستاده بودند که اگر من تلفن بزنم، کسانی از تهران می‌آیند و روحانیون را افتخاری سوار می‌کنند و با ماشین شخصی به مقصد می‌رسانند. ولی این کار به ضرر شما تمام خواهد شد؛ پس بهتر است رو در روی روحانیت قرار نگیرید، و گویا رئیس شهربانی هم اطاعت کرده بود.