پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ در اواخر سال 1376 سيد اسدالله لاجوردي از رياست سازمان زندان‌ها استعفا داد و با کناره‌گيري از مسئوليتي سنگين، بار ديگر به حجره کوچکش در بازار تهران بازگشت.
در چنین شرایطی، سازمان مجاهدین خلق (منافقین) به خاطر عداوت و کینه‌ای که نسبت به وی در سینه داشت، در فرصت مناسب با ترور لاجوردی، او را به شهادت رساند.
در بخشی از کتاب «زندگی و مبارزات شهید اسدالله لاجوردی» که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است درباره نحوه ترور وی می‌خوانیم: در نخستين روز آخرين ماه تابستان 1377، لاجوردي سوار بر مرکب راهوارش، دوچرخه، به سوي بازار بزرگ تهران رفت تا در حجره کوچکش مشغول کار شود. نزديک ظهر، دو تن از دوستان قديمي به او سر زدند. آقاي فاضل و شهيد رئيس اسماعيلي، در لحظه شهادت لاجوردي در آنجا حضور داشتند و آقاي رئيس اسماعيلي، معاون سابق طرح و برنامه‌ي وزارت دادگستري، به همراه لاجوردي به شهادت رسيد.
نحوه شهادت
آقاي فاضل که شاهد عيني ماجرا بود، نحوه شهادت دوستانش را چنين نقل مي‌کند: «صداي فرياد گونه‌اي به‌يکباره مرا متوجه خود کرد و اين درست همان زماني بود که به‌يک باره چند چيز توأمان اتفاق افتاد که عبارت بودند از: ديدن چهره خشن و فرياد منافق مزدوري که با کلت به سوي شهيد لاجوردي نشانه رفته بود، نيم‌خيز شدن من براي رفتن به طرف او و شليک گلوله‌هاي پي در پي از همه طرف و تمام شدن همه چيز... سرم به عقب پرتاب شد. احساس کردم براي لحظه‌اي سر در بدن ندارم؛ ولي سوزش بيني و خوني که روي لباسم مي‌ريخت، مرا متوجه حاج آقا کرد. به طرفشان رفتم. گلوله درست در کنار چشم راست و گيجگاه اصابت کرده بود و خون چون چشمه‌اي فوران داشت. بي‌درنگ فرياد زدم: «بگيريدش». و دريچه پيشخوان را کنار زده، بيرون دويدم به دنبال منافق که همچنان در حال فرار، اطراف را به رگبار مي‌بست تا راهي براي خود بگشايد و من به دنبال آنها فرياد مي‌زدم «مردم بگيريدش». فاصله من و آنها زياد بود. به داخل مغازه برگشتم. جمعيت از هر طرف به سمت مغازه مي‌آمدند... همه کمک کردند تا از روي پيشخوان حاج آقا را به خارج از مغازه انتقال دادند... متوجه شهيد اسماعيلي شدم. فکر نمي‌کردم آسيب چنداني ديده باشد. خواستم به او بگويم که کمک کند. دستم را زير چانه‌اش گرفتم و صورتش را بلند کردم. آرام و بي‌دغدغه، گويي به خواب عميقي فرو رفته است. سرم را به سينه‌اش چسباندم. سکوت بود و سکوت براي هميشه... آرام و با کمک يکي از همکاران مغازه، به زحمت توانستيم شهيد رئيس اسماعيلي را کف مغازه بخوابانيم. ديگر همه چيز تمام شده بود. اينها همه در يک زمان کوتاه اتفاق افتاد. هنوز صداي رگبار از انتهاي بازار مي‌آمد».
دستگیری عامل ترور
دقايقي پس از حادثه ترور، يکي از مهاجمان توسط نيروهاي انتظامي دستگير و بازداشت شد. يک روز پس از حادثه، گروهک منافقین، ترور شهيد لاجوردي را به‌عهده گرفت. به گزارش خبرگزاري فرانسه، يک سخنگوي اين گروهک، در تماس تلفني با خبرگزاري مذکور در نيکوزيا اعلام کرد که اين گروهک، حاج اسدالله لاجوردي و دو تن ديگر از همراهان وي را ترور کرده است.
سه روز بعد نيز هويت تروريست اعلام شد. يک مقام امنيتي در وزارت اطلاعات اعلام کرد: عامل ترور شهيد لاجوردي «علي اصغر غضنفرنژاد» نام دارد که خود را با نام مستعار «سياوش» معرفي کرده است. تروريست مذکور اعتراف کرده بود که دوره‌هاي مختلف آموزش تروريستي، از جمله، نحوه ترور شهيد لاجوردي را در عراق و در مقرهاي گروهک منافقين گذرانده است.
مقام امنيتي وزارت اطلاعات اعلام کرد: «سياوش»، تروريست دستگير شده که در واقع سر تيم عملياتي اين جنايت بود، پس از ترور شهيد لاجوردي توانست به نحوي خود را از معرکه خارج کرده و فرار کند؛ اما از آنجا که توسط مردم مورد شناسايي قرار گرفته بود، به هنگام خروج از کشور و زماني که قصد داشت خود را به پايگاه تروريستي منافقين در خاک عراق برساند، شناسايي و دستگير شد. غضنفرنژاد در اسفند همان سال از جانب دادگاه انقلاب اسلامي محاکمه و به اعدام محکوم گرديد و چندی بعد هم اعدام شد.