پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ پس از پیروزی انقلاب اسلامی، برخی از جریان‌های مشکوک و منافق در تلاش بودند تا پایه‌های ارتش را منحل کنند. تأسیس سازمان عقیدتی سیاسی ارتش با تکیه بر افراد مذهبی و انقلابی موجب شد، ارتش جمهوری اسلامی ایران به عنوان بازوی قدرتمند دفاعی کشور در حراست از نظام اسلامی در برهه‌های مختلف و تثبیت انقلاب اسلامی، موجب عزت و اقتدار ایران اسلامی شود.
حسن روحانی در کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی چاپ و منتشر شده است درباره نحوه تاسیس سازمان سیاسی ایدئولوژیک ارتش می‌گوید: به جز دردسرهای ناشی از برخی تحصن‌ها و اعتصاب‌ها، درگیری دائمی انجمن‌های اسلامی با افسران ارشد به ویژه فرماندهان واحدها و مراکز نظامی، مشکلاتی را به‌وجود آورده بود که می‌بایست به آن‌ها خاتمه داد. در رأس هر یک از انجمن‌های اسلامی معمولاً یک روحانی مسئول بود که حکم خود را از مرکزیتی گرفته بود که مسئولیت آن مرکز به عهده ما به عنوان نماینده حضرت امام در ارتش بود. بدین سبب انجمن‌های اسلامی نه تنها زیر بار فرماندهان نظامی نمی‌رفتند و از آن‌ها فرمانبرداری نمی‌کردند، بلکه چون ملجأ و پناه رده‌های پایین نظامیان بودند و تلاش می‌کردند به تظلم‌خواهی آن‌ها رسیدگی کنند، فکر می‌کردند می‌توانند به فرماندهان نظامی امر و نهی کنند. تعارض میان انجمن‌ها و فرماندهان، سبب اعتراض فرماندهان شده بود و گاهی از انجمن‌ها به عنوان نهادهایی یاد می‌کردند که مسئولیت واقعی آن‌ها اخلال در امور و بر هم زدن نظم و انضباط است. در این اوضاع و احوال سرلشکر فربد، رئیس ستاد ارتش استعفا کرد و پس از وی شاکر رئیس ستاد شد که بعد از چند ماه شادمهر به ریاست ستاد ارتش رسید. شاکر و شادمهر بهتر از سرلشکر فربد بودند. با آمدن شاکر به ستاد ارتش، اتاق جنب اتاق رئیس ستاد در اختیار آقای صفایی و من قرار گرفت و فعالیت‌مان کاملاً رسمی شد.
با وجود این بعضی از فرماندهان رده بالای ارتش مانند سرهنگ فروزان، فرمانده ژاندارمری که مدتی در کمیته ستاد مشترک فعال بود، از همان آغاز با انجمن‌های اسلامی مخالف بود و می‌گفت اگر انجمن‌ها به فعالیت خود ادامه دهند، من استعفا می‌دهم. این بار برای سر و سامان دادن به وضع انجمن‌ها جلساتی تشکیل شد و چند بار نیز آیت‌الله خامنه‌ای در آن‌ها شرکت کرد و در نهایت، اداره‌ای به نام اداره سیاسی ـ ایدئولوژیک تأسیس شد و آیین‌نامه‌ای هم برای آن نوشته شد و وظایف و رابطه‌اش با فرماندهان مشخص گردید. در ستاد مشترک کارها به عهده حجت‌الاسلام غلامرضا صفایی و اینجانب بود. در اواخر سال 1358 که من تصمیم به کاندیداتوری مجلس شورای اسلامی داشتم، در مذاکره با حاج سید احمد آقا خمینی، قرار شد مسئولیت اداره برعهده‌ی جناب آقای صفایی باشد. بعدها نیز در 22 فروردین 1360 امام در حکمی آقای صفایی را به ریاست اداره سیاسی ـ ایدئولوژیک ارتش منصوب کردند.
در نهایت به دلیل مشکلات فراوانی که بین انجمن‌های اسلامی و فرماندهان به‌وجود آمد، در اواخر سال 1358 و یا اوایل سال 1359 تمام انجمن‌های اسلامی منحل و به جای آن‌ها، شعبه‌های اداره سیاسی ـ ایدئولوژیک تأسیس شدند. انحلال انجمن‌های اسلامی به آسانی صورت نگرفت و در مراکزی با مقاومت روبه‌رو شد.