پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی- دکتر جواد منصوری؛ ساعت یک بعد از ظهر روز 6 تیرماه 1360، ما بین نماز ظهر و عصر، آیت‌الله خامنه‌ای، امام جمعه تهران، نماینده امام در شورای عالی دفاع و نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی، در پشت تریبونی در مسجد اباذر، برای انبوهی از جمعیت، درباره «شایعه و نقش تخریبی آن» بصورت ایستاده، مشغول سخنرانی و روشنگری بودند و مردم را به هوشیاری دربرابر ترفندهای دشمنان انقلاب فرا می‌خواندند. در چنین جلساتی، پاسخگویی به سئوالات، بیشتر وقت را به خود اختصاص می‌دهد و این رویه‌ای است که از هنگام حضور مستمر ایشان در اجتماعات دانشجویی شکل گرفته بود. آیت‌الله خامنه‌ای در حال پاسخگویی به سئوالات، و ضبط صوت‌ها جز یکی، در حال ثبت و ضبط کردن سخنان ایشان بود. ناگهان صدای انفجاری مهیب، خبر از عملی‌شدن توطئه‌ای شوم می‌داد. نماینده امام، جراحتی عمیق بر می‌دارد و محراب به خونش رنگین می‌گردد. مردم هراسان و نگران در پی نجات جان امام جمعه و جماعت خویش بر می‌آیند. اشکها بر گونه‌ها جاری و دستها به دعا بلند می‌گردد.
آیت‌الله بهشتی از نخستین افرادی بود که برای بررسی اوضاع و خبرگیری از احوال آیت‌الله خامنه‌ای، از اعضای مؤسس حزب جمهوری اسلامی، به بیمارستان بهارلو رفت.
پس از انفجار، محافظ بیسیم را برداشت. کُدشان «حافظِ هفت» بود. «مرکز ۵۰- ۵۰»؛ این رمزِ آماده باش بود، یعنی حافظ هفت مجروح شده است. کسی که پشت دستگاه بود، بلند زد زیر گریه. محافظ یک دفعه توی بیسیم گفت: «با مجلس تماس بگیر.» اسم دکتر فیاض‌بخش و چند نفر دیگر از پزشک‌های مجلس را هم گفت؛ «منافی، زرگر، ... بگو بیایند بیمارستان بهارلو.»
بیرون از مسجد، آیت‌الله خامنه‌ای لحظاتی به هوش آمدند، اما بلافاصله از هوش رفتند. در بین راه بیمارستان هم، چند باری به هوش آمدند و دوباره از هوش رفتند؛ ایشان هر وقت به هوش می‌آمدند، شهادتین می‌گفتند. لب‌ها و چشم‌ها تکان می‌خوردند؛ خیلی کم البته. ابتدا ایشان را به درمانگاهی در همان نزدیکی‌ها در خیابان قزوین بردند. اما کاری از دست کسی بر نمی‌آمد و باید ایشان را به جای دیگر می‌بردند.
وضعیت آیت‌الله خامنه‌ای با تلاش پزشکان و بعد از انجام عمل جراحی و تزریق ۳۷ واحد خون تثبیت شد و ایشان را برای ادامه درمان و تأمین امنیت بیشتر به بیمارستان قلب شهید رجایی انتقال دادند.
آقای هاشمی رفسنجانی در خاطرات 6 تیر 1360، آورده است: برای دیدن معادن ذغال سنگ، عازم زرند شدیم ... سروان سجادی فرمانده ژاندارمری، خبر سوء قصد به جان آقای خامنه‌ای را همراه با بشارت نجات ایشان داد. گفت: بمبی در ضبط صوت کار گذاشته و در مسجد اباذر روی میز خطابه‌ي ایشان گذاشته اند. یک لحظه دنیا در نظرم تاریک شد. همراهان متوجه از دست رفتن تعادل من شدند و شاید به همین جهت، سروان سجادی توضیحات امیدوار کننده‌ای داد و به خود آمدم که پس از عزل بنی‌صدر، ما بایستی ضوابط امنیتی را بهتر مراعات کنیم. همین نحوه‌ي سفر من و حضور غیر محتاطانه آقای خامنه‌ای در مسجد اباذر، از این بی‌احتیاطی‌ها است... ساعت هشت شب به تهران رسیدیم. مستقیماً به بیمارستان قلب رفتم و از آقای خامنه‌ای عیادت کردم.
برابر اخبار منتشره در همان زمان، آیت‌الله خامنه‌ای «از نقطه بالای کتف راست و بالای ران سمت راست» مجروح شد و «استخوان ترقوه» او شکست و چند رگ و عصب دست راست وی نیز قطع شده بود. هاشمی رفسنجانی در این باره نوشته است: دکترها گفتند هفتاد درصد خطر رفع شده، خونریزی زیاد شده، دست راست ایشان با قطع عصب از کار افتاده است، بعداً باید پیوند شود. عروق و اعصاب ناحیه‌ي راست سینه قطع شده، برای قطع خونریزی، ایشان را به اتاق عمل بردند.
يكي از اعضاي سپاه كه بهبازرسي محل پرداخته بود، دراين رابطه اعلام كرد فقط چاشني بمب، منفجر شده است و چنانچه تمام بمب منفجر مي‌شد، آسيب بيشتري به ايشان وارد مي‌آمد.
با انتشار خبر ترور آقای خامنه‌ای بخش وسیعی از مردم در مقابل بیمارستان جمع شدند و برای سلامتی امام جمعه تهران، دست به دعا برداشتند. آیت‌الله بهشتی، رئیس دیوانعالی کشور، آیت‌الله منتظری، محمد علی رجائی، نخست‌وزیر، مجلس شورای اسلامی و نهادهای انقلابی با صدور پیام‌ها و اطلاعیه‌های جداگانه، به محکوم کردن سوء قصد به آیت‌الله خامنه‌ای پرداختند.
سازمان مجاهدین خلق که به دلیل این سوء قصد، از سوی شخصیت‌ها و نهادهای انقلابی محکوم شده بود، از پذیرش مسئولیت انفجار مسجد خودداری و ادعا کرد که این سوء قصد، قبل از شروع مبارزه مسلّحانه مجاهدین، از سوی گروه فرقان انجام شده و هیچ ربطی به مجاهدین نداشته است.
بر روی قسمتی از قطعات داخلی ضبط صوت انفجاری، با ماژیک نوشته بودند: «هدیه گروه فرقان» و جزوه‌ای نیز با امضای این گروه درباره‌ي این سوء قصد منتشر شده بود. از این رو به نظر برخی از محققان، "بقایای فرقانی‌ها تا اوایل سال ۶۰ همچنان به انتشار برخی از جزوات می‌پرداختند و حتی از ترورهای مجاهدین خلق نیز به نوعی سوء استفاده کرده، آن‌ها را با اندیشه‌های خود پیوند می‌دادند."
علی رغم عدم پذیرش مسئولیت این انفجار از سوی سازمان مجاهدین خلق، آن سازمان، در افکار عمومی، مسئول این اقدام تلقی می‌شد و مطبوعات نیز همین مطلب را منعکس می‌کردند. به ویژه آنکه درست فردای آن واقعه مقر حزب جمهوری اسلامی با حمله تروریستی سازمان مجاهدین خلق منفجر شد و عده ای از یاران امام در آن حادثه به شهادت رسیدند.