‌پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای، فرزند سید حسین، در نجف متولد شد. در کودکی همراه خانواده به تبریز بازگشت و تحت تربیت پدر فقیه و عالم خود رشد یافت. علوم مقدماتی را در مدارس آن زمان تبریز گذراند و سپس راهی مشهد شد و نزد سید حسین قمی، میرزا محمد آیت‌الله­زاده‌ خراسانی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌، حاج فاضل خراسانی و میرزا مهدی اصفهانی درس آموخت و به دنبال آن به نجف عزیمت نمود. حوزه‌ علمیه‌ نجف در آن ایام با آنکه به سبب رحلت آخوند خراسانی دچار رکود مختصری شده بود اما به جهت حضور شاگردان برجسته‌ وی همچنان انسجام علمی­اش پابرجا بود. سید جواد خامنه‌ای آنجا به فراگیری سطوح عالی فقه و اصول و دیگر معارف معقول و منقول پرداخت و پس از کسب مقام اجتهاد به تبریز بازگشت و مدتی همان‌جا ماند و سپس راهی مشهد شد و به دنبال مرگ همسر اولش با بانو خدیجه میردامادی دختر آیت‌الله حاج سید‌ هاشم نجف­آبادی ازدواج کرد. آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای سال‌ها در مشهد به تدریس‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌، تعلیم و تربیت طلاب و ارشاد مردم مشغول بود و چندین سال متمادی امامت جماعت مسجد صدیقی‌ها یا مسجد آذربایجانی‌ها(ترک‌ها) را برعهده داشت. درباره ساده­‌زیستی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌، تهجد‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌، ‌زهد و عبادت او سخن‌های زیادی در منابع گفته شده است. او دلبستگی به دنیا نداشت و در نهایت سادگی گذران عمر می‌کرد. ایشان در عین برخورداری از مقامات عالی علمی و وجهه و محبوبیت مردمی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌، ‌عالمی پارسا‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌، ‌متواضع و زاهد و به دور از هرگونه پیرایه و تجمل بود. او خود را سال‌ها وقف تعلیم و تدریس و تربیت عالمان دین کرد و در کمال زهد و پرهیزگاری زیست و پس از عمری طولانی و پربار سرانجام در 93 سالگی در 14 تیر 1365 ش از دنیا رفت و در توحیدخانه (رواق پشت سر مرقد امام رضا (ع)) به خاک سپرده شد. امام خمینی در پیام تسلیتی که به مناسبت رحلت آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای دادند‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌، ‌او را عالمی متعهد و باتقوا خواندند.

 همچنین آیت‌الله سید محمد خامنه‌ای در کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است ابعاد مختلف زندگانی پدر را اینگونه روایت می‌کند:

پدرم آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای فرزند آیت‌الله «حاج سیدحسین خامنه‌ای» و متولد سال 1313 ق در شهر نجف است. پدربزرگم آیت‌الله سیدحسین خامنه‌ای از علمای منحصربه‌فرد تبریز در دوران مشروطه به شمار می‌آمد و در تاریخ مشروطیت نامی از وی برده شده است. ایشان امام جماعت مسجد جامع تبریز بودند. شیخ محمد خیابانی مرد سیاسی معروف صدر مشروطیت گاهی به جای پدربزرگ من در مسجد جامع نماز می‌خوانده است. شیخ محمد خیابانی، كه او هم خامنه‌‌‌‌‌ای است، داماد جدّ ما آیت­الله آقا سیدحسین خامنه­‌ای و شوهرخواهر پدرم و شوهر عمه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ ماست.

میرزا اسماعیل نوبری هم از منسوبین نزدیك آیت‌الله سید حسین خامنه‌ای بود. نوبری از مبارزان انقلاب مشروطیت در تبریز بود و یك دوره هم به نمایندگی مجلس رسید.

والد ما دو برادر داشت: سید محمد و سید ‌مهدی. سید ‌محمد خامنه‌ای به سبب حسن خلق و نیكوكاری به «سید محمد پیغمبر» معروف بود. وی از مادر دیگر و مُسن­تر از والد و مقیم نجف بوده و با مراجع معروفی همچون آیت‌الله سید ‌ابوالحسن اصفهانی و دیگر همسالان رفاقت و مناسباتی داشته و در جریان ترور آیت‌الله سید حسن اصفهانی، فرزند مرحوم اصفهانی، در هنگام امامت نماز جماعت، ایشان هم مجروح شده بود. ایشان اواخر عمر به آذربایجان برگشت و در تحولات سیاسی فعال بوده و به سبب احترام اجتماعی و دولتی خدماتی انجام داده است. برخی نامه‌های ایشان به مقامات ایران نشان‌دهنده‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ این مطلب است. ‌‌‌‌‌‌‌‌سید حسن تقی‌زاده كه در آن زمان معمم و طلبه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ جوان و فعال بود از اطرافیان ایشان بوده و عكسی هم از عده‌‌‌‌‌‌ای از مریدان ایشان باقی مانده است.

والد ما در نوجوانی تحصیلات ابتدایی خود را طبق مرسوم آن زمان در مكتبخانه‌‌‌‌‌‌ای در تبریز شروع می‌كند و پس از طی مقدمات علوم حوزوی، بعد از فوت پدرش به مشهد و سپس به عراق می‌رود و تحصیلاتش را در حوزه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ نجف ادامه می‌دهد. در حدود سال‌های 1337ـ 1336 ق دوباره سفری برای زیارت به مشهد می‌رود و حال و هوای علمی مشهد و حوزه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ علمیه را بررسی می‌كند. حوزه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ علمیه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ مشهد در آن ایام حوزه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ بسیار پررونقی بوده و علمای بزرگی در آنجا درس فقه و حكمت می‌گفتند مثل میرزا محمد معروف به آقازاده‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ خراسانی (پسر آخوند خراسانی) و حاج‌آقا حسین قمی در فقه و اصول و حاج آقا بزرگ حكیم شهیدی در حكمت و علوم عقلی. از این رو والد ما علاقه‌مند به ماندن در این شهر می‌شود. بعد از مدتی، با شنیدن خبر فوت مادرشان در شهر تبریز، به آن شهر برمی­گردد و چون متأهل شده بود همسر اول خود و فرزندانش را از تبریز به مشهد مقدس انتقال می‌دهد.

ابوی تا حدود سال 1346 ق به همراه خانواده در شهر مشهد اقامت می‌كند و همان سال ‌‌‌‌‌‌‌‌برای ادامه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ تحصیل دوباره راهی عراق و شهر نجف می‌شود. در نجف عمدتاً به درس میرزا محمدحسین نائینی و سید ابوالحسن اصفهانی می‌رود ‌‌‌‌‌‌‌‌و تا سال 1351 ق نیز در نجف می‌ماند كه در این سال با گرفتن اجازه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ اجتهاد از آیات نائینی و سید ابوالحسن اصفهانی و غروی معروف به «كمپانی» به ایران برگشته و ‌‌‌‌‌‌‌‌به شهر مشهد می‌رود. در همین سال عیال اول ایشان فوت می‌کند و ایشان با همسر دومشان كه مادر ما باشد ازدواج می‌كند.

والد ما از جمله علمای باسواد امّا گوشه­گیر مشهد به شمار می‌رفت و چون فصاحت و بلاغت كمی در گفتار داشت درس عمومی نمی‌گفت، امّا در جلسات خصوصی ایشان شاگردان فاضل معروفی مثل آقا میرزا حسین عبایی و حاج شیخ نصرالله شبستری تربیت یافتند. ایشان در مسجد جامع گوهرشاد و مسجد صدیقی‌ها نماز می‌خواند. مسجد صدیقی‌ها چون دسته‌ها و مجالس ترك‌های مقیم مشهد در آنجا برگزار می‌شد به نام «مسجد ترك‌ها» معروف شده بود و گاهی دو ماه، محرم و صفر، یعنی شصت شب آنجا مجلس عزاداری بود. بسیاری از علما و فضلای شهرستان‌ها وقتی برای زیارت به مشهد می‌آمدند در این مسجد با ایشان نماز می‌خواندند.

والد ما از آن عالمانی ‌‌‌‌‌‌‌‌بود كه هیچ كس با او دشمنی نداشت، لذا با او دوستی و احترام و محبت می‌كردند و محبوبیت و احترام عام داشت. ایشان با بسیاری از معاریف علمای ایران و عراق از جمله آیت‌الله میلانی، علامه طباطبایی، حاج شیخ ‌هاشم قزوینی، امام خمینی(ره) و بیشتر علمای معروف آذربایجان روابط نزدیك و دوستانه‌‌‌‌‌‌ای داشت و بسیاری از این علما به خانه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ ما رفت و آمد داشتند.

آیت‌الله میلانی خودش می‌گفت كه ما و پدرتان هم­مكتب بودیم و باهم درس می‌خواندیم و بازی می‌كردیم. آن دو خیلی به هم نزدیك بودند و ایشان در اوایل اقامت در مشهد تقریباً هفته‌‌‌‌‌‌ای یكبار به منزل ما می‌آمدند. علامه طباطبایی، آیت‌الله میلانی و پدرم در شهر نجف هم سه یار دبستانی بودند و این ارتباط و دوستی همچنان میان ایشان تا سال‌ها و تا اواخر عمرشان پابرجا بود.

علامه طباطبایی بعضی از سال‌ها با خانواده‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ خود به مشهد مشرف می‌شدند و یكی دو ماه می‌ماندند و بیشتر اوقات، صبح‌ها برای دیدن آقای ابوی به منزل ما می‌آمدند و ساعتی با هم می‌نشستند و با هم از هر دری صحبت می‌كردند: گاه بحث‌های علمی داشتند، گاهی كتاب‌هایی مثل تحریر اقلیدس در علم هندسه را جلوی خودشان می‌گذاشتند و دو فقیه می‌نشستند و درباره‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ قضایای هندسی با هم بحث می‌كردند. احتمال می‌دهم پدر من سؤال می‌كرد و مرحوم علامه، كه قوی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌تر و استادتر بود، جواب می‌داد.

آقای طباطبایی با ما روابط خانوادگی هم داشت و در دوران اقامت خود در مشهد، هر دفعه كه می‌آمدند خانواده و فرزندانشان را هم می‌آوردند، لذا خانم‌ها با هم دوستی و مراوده‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ نزدیك داشتند، بچه‌های دو خانواده ‌‌‌‌‌‌‌‌هم با هم بازی می‌كردند و روابط نزدیك و صمیمانه‌‌‌‌‌‌ای برقرار بود. همین روابط نزدیك باعث شد كه خانواده‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ من در قم پس از ازدواج، با خانواده‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ ایشان و خود من با شخص علامه و فرزندانشان روابط خانوادگی داشته باشیم و منزل ما هم شاید كمتر از صد متر با منزل ایشان فاصله داشت.

یكی از خصوصیات اخلاقی پدرم كم­رویی و گوشه‌گیری ایشان بود و از این رو اهل منبر رفتن رسمی نبود، امّا به واسطه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ اصرار دوستانش، گاهی بعد از نماز خود به منبر می‌رفت كه اتفاقاً این منبرها به دلیل مطالعات شبانه‌روز ایشان و احاطه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ وسیع بر موضوعات دینی و اخلاقی بسیار مفید بود و مردم به آن علاقه نشان می‌دادند. علمای مشهد نیز به اطلاعات علمی والد پی برده بودند و گاهی از او استفاده می‌كردند.

ایشان یك جلسه مباحثه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ روزانه به نام جلسه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ «مباحثه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ فقهی» برگزار می‌کرد. در مجموع در این جلسات آیات حاج میرزا حبیب‌الله ملكی تبریزی،آقا میرزا باقر تبریزی، حاج شیخ غلامحسین تبریزی معروف به عبدخدایی تبریزی، علم‌الهدی و آقای آسید علی رضوی و همچنین گاهی آیات حاج میرزا جواد آقای تهرانی و حاج شیخ حسنعلی مروارید حضور داشتند.