پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آیت‌الله سید محمودحسینی شاهرودی از جمله روحانیون مبارزی است که هم‌زمان با حضور در نجف همواره با صدور اعلامیه، جنایات رژیم پهلوی در ایران را محکوم می‌کرد، علاوه بر این در عراق نیز جنایات رژیم بعث را محکوم می‌کرد.
به دنبال طرح لایحه انجمن‌های ایالتی، آیت‌الله شاهرودی در نامه‌ای به آیت‌الله سید محمد بهبهانی، فتوایی در زمینه‌ی «حرمت شرکت نسوان در انتخابات» صادر کرد. منبع ساواک در این زمینه نوشته است: «طبق اطلاع از طرف آیت‌الله شاهرودی از نجف اشرف، نامه‌ی مفصلی به نام آیت‌الله بهبهانی فرستاده شده که از قول علمای اعلام در نجف، در مورد منع شرکت نسوان در انتخابات نظریه داده است. گویا آیت‌الله بهبهانی تصمیم دارند در صورتی که دولت روی این موضوع دستور صریح ندهد، متن اعلامیه را به صورت چاپی منتشر نماید.»
علاوه بر این به دنبال واقعه مدرسه فيضيه در قم (فروردین 1342) طي تلگراف‌هايي جداگانه خطاب به امام خميني و ساير علما، اين جنايت را محكوم و ابراز تأثر كرد. در پیغام ایشان به امام آمده است: «فاجعه بزرگ و دردآوری که بر حوزه‌ی مقدسه‌ی قم و دانشمندان و طلاب آن حوزه (دامت برکاتهم) وارد شده است، قلب‌های مؤمنان و بزرگان نجف را جریحه‌دار ساخت. شایسته است این امر به همه‌ی متدینان ابلاغ شود و نیز سزاوار است که افکار مؤمنان توجیه شود تا به خانواده‌های مفقودان و مجروحان کمک مادی و معنوی کرده، مدرسه‌ی فیضیه را بازسازی کنند تا بدین وسیله خشنودی خاطر امام عصر (عج) را فراهم آورند.»
در خرداد 1342 ايشان طي تلگراف‌هايي به علماي مشهد، رشت و تهران، فاجعه‌ي 15 خرداد را محكوم کرده و آزادي امام خميني و ساير علما و توقيف شدگان را از زندان خواستار شد. همچنین در تلگرافی به شاه ضمن ابراز انزجار از اقدام رژیم در دستگیری امام و سرکوبی تظاهرات مردم خواستار آزادی امام خمینی و سایر علمای زندانی شد. در این تلگراف آمده است: «[نسبت به] حوادث اخیر و دستگیری علمای اعلام سلب راحت نموده و انزجار خود]را[از اعمال دولت اظهار می‌داریم. رهایی و اطلاق آیت‌الله خمینی و جلوگیری از تعدیات و رفتار جابرانه‌ی دولت را جداً خواهانیم.»
به دنبال تبعید امام به ترکیه، آیت‌الله العظمی شاهرودی در تلگرافی به آیت‌الله آشتیانی در تهران تأکید کردند که:«بشارت ارجاع آیت‌الله خمینی را به امر اکید اعلیحضرت همایون شاهنشاهی انتظار داریم.»و تلگرافی دیگر به همین مضمون به آیت‌الله آملی ارسال کردند.
به دنبال انتقال امام خمینی از ترکیه به نجف در مهر سال 1344، ساواک در گزارشی می‌نویسد: «پس از ورود آیت‌الله خمینی به نجف، عده‌ای از روحانیان ایرانی از قبیل خوئی، شاهرودی و شیخ نصرالله خلخالی به وی ملحق و مرتباً برای وی پول می‌رسد.»
آیت‌الله شاهرودی در سال 1345 به منظور سفر حج تمتع ابتدا به كويت رفت و در آنجا مورد استقبال شيعيان مقيم آن كشور قرار گرفت و هر شب در يكي از حسينيه‌هاي شيعيان شهر كويت نماز جماعت برگزار مي‌كرد. اين سفر كه مورد توجه ساواك قرار گرفته بود، به طور كامل در گزارش‌هاي ساواك درج شده است. ایشان سپس به مكه مکرمه مشرف شد.
در سال 1348 و با شروع اذيت و آزار ايرانيان مقيم عراق، تضييقاتي نيز عليه آيت‌الله شاهرودي اعمال شد و فشارهايي از طرف دولت عراق براي همراهي ايشان با سياست‌هاي آن كشور اعمال گرديد. انعکاس این اخبار در ایران و دیگر کشورهای شیعه‌نشین آثار نامطلوبی برای رژیم بعث داشت. به این خاطر رژیم عراق مجدداً دست به دامن مراجع شد تا با گرفتن نامه یا فتوایی از آنان آزار و اذیت ایرانیان مقیم عراق را تکذیب نماید. لذا استاندار جدید کربلا در 4 / 3 / 1348 به دیدار آیت‌الله العظمی شاهرودی رفت و چنین درخواست کرد: «حال که حاضر به ارسال تلگرافی مبنی بر پشتیبانی از دولت عراق [نیستید]، لااقل تلگرافی به عنوان روحانیان به ایران ارسال نمایید و موضوع آزار و اذیت ایرانیان را در عراق تکذیب نمایید.» آیت‌الله العظمی شاهرودی در جواب گفتند: «صدای شکنجه‌های مأموران دولتی عراق نسبت به ایرانیان به تمام دنیا رسیده و در هر حال به عهده‌ی دولت عراق است که با رفع بازداشت و دلجویی ایرانیان، جبران اعمال گذشته‌ی خود را بنماید.»
با مقاومت ايشان، دولت عراق برمحدوديت‌ها افزود، ولي واكنش وي در قبال اين اعمال، تهديد به ترك عراق بود و گاه و بي‌گاه شايع مي‌شد كه قصد دارد عراق را ترك و در كرمانشاه يا قم اقامت كند. ولي در پايان سال 1349 همچنان با صدور پروانه خروج وي موافقت نشده بود. زماني نيز ايشان به اتفاق آيات: امام خميني، خوئي و حكيم تصميم گرفتند در اعتراض به رفتار غيرانساني دولت عراق نسبت به ايرانيان مقيم آن كشور از ملاقات با مقامات دولتي خصوصاً استاندار كربلا اجتناب ورزند.
در سال 1350 منازل آيات: امام خميني، خوئي و شاهرودي تحت مراقبت شديد مأموران بعثی قرارگرفت و دولت عراق براي جلوگيري از تأثير سوء خروج آنان از این کشور تصميم گرفت از اين اقدام آنها ممانعت به عمل آورد. در سال 1352 آيت‌الله شاهرودي مخالفت خود را با ساختن فيلمي در مورد پيامبر اسلام (ص) اعلام كرد و طي تلگرافي به آيت‌الله آشتياني در تهران مسلمانان را به مقابله با آن دعوت كرد.
در سال آخر زندگی آیت‌الله شاهرودی، آزار و تعرضات مأموران عراقی به اوج خود رسید و به منزل ایشان تعرض کردند. تا این که سرانجام در شهريور 1353 آيت‌الله شاهرودي در بستر بيماري افتاد و در پانزدهم اين ماه بدرود حيات گفت و در صحن حرم حضرت علي (ع) به خاك سپرده شد.