حجت‌الاسلام ‌ سید احمد کلانتر در شهریور 1344 دستگیر و با قید کفیل آزاد گردید. چهار ماه بعد مجدداً دستگیر و به سه ماه حبس محکوم و در سال 1345 به اتهام فعالیت‌های مضره برای مدت 4 ماه به فردوس واقع در استان خراسان جنوبی تبعید شد. در سال 1348 در ساوه دستگیر و به چهار ماه و پانزده روز حبس محکوم شد. در خرداد سال 1349 به اتهام تحریک مردم در مراسم شهید آیت‌الله سعیدی، برای سه سال به زابل تبعید گردید که به علت فعالیت در آنجا، به سراوان منتقل شد و در آنجا نیز به اتهام اهانت به شاه دستگیر و به دو سال حبس تأدیبی محکوم شد. در خرداد 1354 به اتهام شرکت در تظاهرات مدرسه فیضیه دستگیر، ولی تبرئه شد. او در سال 57 که با تعداد دیگری از مبارزین روحانی در انارک نائین تبعید بود، جهت تداوم مبارزه محل تبعید را ترک و به قم وارد شد و در 14 /9 /57 در تظاهرات بر اثر برخورد گلوله مجروح شد.