تشکیل "شورای انقلاب اسلامی" را می‌بایست نخستین گام در جهت نهاد سازی و سازماندهی نظام جمهوری اسلامی ایران دانست. که عملاً 18 ماه زمام امور کشور را برعهده داشت و در این مدت بیش از یک هزار مصوّبه از خود به جای گذاشت. عمده‌ فعالیت‌های شورای انقلاب را می‌توان در دو بخشِ قبل و پس از پیروزی انقلاب تقسیم‌بندی نمود.

آیت‌الله هاشمی در سال‌های دهه‌ی 1360 كه تقابل با «نهضت آزادی» شدت داشت، از سیاست مدارای با آنها سخن می‌گفت. استدلال هاشمی این بود كه «نهضت آزادی سازمانی است كه در دوران مبارزه خدمت كرده و اكثر مسئولان آن به زندان افتاده‌اند. آنها در دانشگاه‌ها و محیط‌های روشنفكری كار كرده‌اند و نقش مؤثری هم داشته‌اند. نباید خدمت‌های این گروه را در دوره‌ای كه تلاش می‌كردند بین مردم و قشر روشنفكر تفاهم برقرار كنند نادیده گرفت. قشر روشنفكری كه از اسلام بریده بود.» با وجود این، هاشمی با مشاركت اعضای این گروه در امور حكومتی و كشورداری موافق نبود و اعتقاد داشت «اینها به خاطر تربیتی كه در گذشته داشته‌اند و فكرشان در معیارهای خاصی نسبت به وضع حاكم رشد كرده، نمی‌توانند امروزه متناسب با نیازهای انقلاب قدم بردارند.»

آیت‌الله محمدتقی مصباح یزدی از همراهان نهضت اسلامی با شروع قیام امام خمینی به صف مبارزین پیوست و در همان آغاز با محکوم نمودن لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی بر همراهی‌ با امام‌ خمینی تأکید کرد‌. تبلیغ مرجعیت امام در نخستین سال‌های نهضت، شرکت در جلسات سریِ روحانیون مبارز، عضویت در حلقه انقلابی موسوم به «گروه یازده ‌نفره»، چاپ و توزیع اعلامیه‌ بر ضد رژیم پهلوی، ارتباط با انقلابیون و ... از دیگر فعالیت‌های مبارزاتی وی به حساب می‌آید. پس از پیروزی انقلاب اسلامی در تأسیس دفتر همکاری حوزه و دانشگاه و در جهت تحول و بازسازی نظام حوزه نقش فعالی ایفا کرد. او بنیاد علمی پژوهشی باقرالعلوم و سپس موسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی را در قم پایه‌گذاری کرد. علاوه بر این آثار متعددی درباره علوم اسلامی از جمله تفسیر، فلسفه و معارف اسلامی از وی به جا مانده است.