در ماجرای آقای منتظری هم ایشان نظرش بر خلاف اکثریت مجمع روحانیون بود. ایشان همچنین مرید امام بودند و میدانستند که نگاه امام نسبت به آقای منتظری چگونه است به همین دلیل ایشان دنبال راه امام رفت و آقای منتظری را همراهی نکرد. در این مسئله باز هم علاقمندی و تبعیت آقای دعایی از امام خمینی بروز کرد.
یک روز که من پیش امام رفتم، امام فرمود: من در خلال صحبتهای آنها فهمیدم که نسبت به معاد ایمان ندارند و معاد را دنباله سیر تکامل همین جهان میدانند. من این صحبت امام را به آقایان حسین روحانی و تراب حقشناس گفتم و آنها این مطلب را تایید کردند و گفتند ما این تلقی را از کتاب «راه طی شده» آقای بازرگان اخذ کردیم...
سید محمود دعائی از جمله روحانیون مبارزی بود که در دوران نهضت اسلامی به ویژه ایام تبعید امام خمینی در نجف همواره تحت کنترل و تعقیب و مراقبت ساواک قرار داشت.
حجتالاسلام والمسلمین سید محمود دعایی پیش از پیروزی انقلاب اسلامی یکی از چهرههای نزدیک به رهبری نهضت به شمار میرفت. او که فعالیتهای سیاسی خود را از اوایل دهه 40 آغاز کرده بود، در سال 46 ناچار به خروج از ایران شد. او پس از این سال در سفرهای متعدد به عراق، لبنان، اردن، عربستان وبرخی از کشورهای اروپایی نقش مهمی در هماهنگی نیروهای ضدرژیم پهلوی ایفا کرد. او پس از سالها اقامت در عراق و همراهی با امام به پاریس رفت و در پرواز انقلاب همراه با بنیانگذار جمهوری اسلامی در۱۲ بهمن ۵۷ به ایران برگشت و فعالیتهای خود را در نظام جمهوری اسلامی ایران ادامه داد.