آیت الله بروجردی اساس ولایت فقیه كه امروزه زیاد می‌شنویم، پی‌ریزی كردند و این مبنا و مبحث توسط شاگردان ایشان از جمله امام خمینی(ره) تكمیل و توسعه یافت.
پرونده "تطهیر ناشدنی"
پس از عزل رضاخان از سلطنت، سفارت انگلیس به محمدرضا اطلاع می‌دهد كه گوش كردن به رادیو برلین و فتوحات و تصرفات ارتش آلمان مانع از انتصاب وی به عنوان شاه ایران خواهد شد. پس از این پیام، محمدرضا پهلوی دیگر گوش كردن به رادیو برلین را برای همیشه كنار گذاشت.حسین فردوست در این باره می‌گوید: محمدرضا گفت:فردا اول وقت با "ترات" تماس بگیر و با او قرار ملاقات بگذار و بگو كه همان شب با محمدرضا صحبت كردم و گفت كه نقشه را از بین می برم و رادیو هم دیگر گوش نمی كنم مگر رادیوهایی كه خودشان اجازه دهند آنها را بشنوم.
ارتشیان به امام(ره) ارادت داشته و اغلب مقلد ایشان بودند. چنانكه ارتشبد عباس قره‌باغی، رئیس ستاد مشترك ارتش رژیم پهلوی اعتراف می‌كند «اكثریت سربازان و تعداد قابل توجهی از افسران و درجه‌داران سخت معتقد به مذهب و مقلد آقایان علما دینی بودند... تعدادی از پرسنل شهربانی كتبا گزارش نموده بودند كه از مقلدین آیت‌الله خمینی بوده و نمی‌توانند برخلاف دستورات آیت‌الله عمل نمایند.»
در اواسط دهه چهل، ساواك با آگاهی از فعالیت‌های انقلابی آیت‌الله مصباح یزدی، دستگیری او را در دستور كار خود قرار می‌دهد. بر همین اساس در تاریخ 5 خرداد 1345، ساواك قم دستور می‌گیرد كه آیت‌الله مصباح را دستگیر كرده و به مركز اعزام كند.در چنین شرایطی آیت‌الله مصباح یزدی كه از چندی پیش متوجه حساسیت ساواك نسبت به خودش شده بود به روستایی به نام "فیض‌آباد" در حوالی آشتیان رفته و پس از دو هفته به سمت یزد حركت می‌كند تا در آنجا مخفی شود. از همین رو ساواك تهران در تاریخ 1345/3/21 حكم دستگیری آیت‌الله مصباح را به ساواك اصفهان صادر كرده و دستور می‌دهد: «محمدتقی مصباح یزدی روحانی مقیم قم را كه فعلا تحت تعقیب و متواری و به یزد عزیمت نموده [به] وسیله شهربانی محل دستگیر و اعزام دارند. ضمنا آدرس محل سكونت وی در یزد در دست نمی‌باشد.»
پرونده "تطهیر ناشدنی"
مشكلات اقتصادی طی سالهای 1338و 1339 به حدی از وخامت رسیده بود كه حسین علاء، وزیر دربار شاهنشاهی، طی گزارشی در شهریور ماه 1339 به محمدرضا پهلوی نوشت: اوضاع اقتصادی بدتر از آن است كه تصور می‌رفت. ارزهای زیادی كه داشتیم تفریط شد و امروز مضیقه عجیبی ظاهر شده؛ نه ارز داریم نه ریال. تجار بازار یكی بعد از دیگری ورشكست می شوند.
پرونده "قیام موشكی" - بخش نهم
سپاه پاسداران موشك‌های كلاس "قدر" را در سه نوع H، F و S در اختیار دارد كه این موشك‌ها با بردهای متنوع و دقت بالا، قادرند اهداف را در فواصل مختلف هدف قرار دهند.
پس از شكست نهضت ملی نفت، رژیم تصمیم داشت آیت الله كاشانی را محاكمه و اعدام كند كه آیت الله بروجردی به شدت به مخالفت پرداختند. حتی به آیت الله گفته بودند كه آیت الله كاشانی اقرار كرده‌اند كه به دستور ایشان رزم آرا به قتل رسیده است. آیت الله در جواب می‌گویند كه فقیه می‌تواند مطابق استنباط و اعتقادش حكم كند و نباید برای حكمش محاكمه شود.
پس از فتح خرمشهر، امام فرمودند كه لب تمام طول مرزها بایستید و یك صف دفاعی تشكیل دهید و داخل مرزها نروید. نگفتند جنگ را تمام كنید. گفتند: "با حالت تدافعی مطلق، لب مرزها بایستید."
شهربانی مشهد طی گزارشی درباره نقش روحانیت در قیام مسجد گوهرشاد می‌نویسد: «علت طغیان و سبب اصلی، حركت آقای‌حاجی حسین قمی بوده، به علت اینكه مردم به وی معتقد می‌باشند. سرمنشأ فساد هم شیخ بهلول، نواب احتشام و این اشخاص می‌باشند: شیخ مقتدر، شیخ عباسعلی محقق، شیخ مهدی واعظ، شیخ محمدحسین اردبیلی، سیدعبدالعظیم مسئله‌گو، كاتب خاقان، شیخ محمد صاحب‌الزمانی، حسن اردكانی، سیدزین‌العابدین سیستانی، شیخ هاشم‌مدرس قزوینی، شیخ آقابزرگ شاهرودی، سیدیونس اردبیلی و سیدعبدالله موسوی شیرازی. تاكنون مدركی به دست نیامده كه دست اجنبی در این امر دخالت‌داشته باشد»
رجوی در مذاكرات با سپهبد صابرالدوری رییس سرویس كل اطلاعات عراق پس از انتفاضه شعبانیه 1370 هجری شمسی گفت:شما عراقیان ارتباط ما را با سعودی برقرار كردید، به طوری كه ملك فهد مرا برای دیدار از عربستان دعوت كرد كه به آنجا رفتم و با ایشان ملاقات كردم
