پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی- تسنیم نوشت: آیت الله سید جواد خامنهای پدر بزرگوار مقام معظم رهبری از علمای برجسته مشهد به شمار می‌آمدند. این عالم بزرگوار در تاریخ 15 تیر ماه سال 1365 دار فانی را وداع گفتند. آیت الله سید محمد خامنهای پسر ارشد ایشان در ارتباط با نسب خانوادگی و زندگانی پدرشان در کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی به چاپ رسیده چنین می‌گوید: پدرم آیت‌الله حاج سیدجواد خامنهای و مادرم سیده خدیجه خانم، معروف به آقازاده خانم، دختر مرحوم آیت‌الله حاج سید‌هاشم نجف‌آبادی میردامادی بودند. طبق نسب نامه موجود، که توسط علمای بزرگی همچون علامه محمدحسین طباطبایی و آیت‌الله سید شهاب الدین مرعشی نجفی ارائه گردیده، نسب خانواده ما با کمتر از سی واسطه به حضرت سجاد(ع) و امام حسین(ع) می‌رسد و به همین دلیل ما از سلسله سادات حسینی هستیم.
پدرم آیت‌الله سیدجواد خامنهای فرزند آیت‌الله «حاج سیدحسین خامنهای» و متولد سال 1313 ق در شهر نجف است. پدربزرگم آیت‌الله سیدحسین خامنهای از علمای منحصربه‌فرد تبریز در دوران مشروطه به شمار می‌آمد و در تاریخ مشروطیت نامی از وی برده شده است. ایشان امام جماعت مسجد جامع تبریز بودند. شیخ محمد خیابانی مرد سیاسی معروف صدر مشروطیت گاهی به جای پدربزرگ من در مسجد جامع نماز می‌خوانده است. شیخ محمد خیابانی، که او هم خامنهای است، داماد جدّ ما آیت‌الله آقا سیدحسین خامنهای و شوهرخواهر پدرم و شوهر عمه ماست. میرزا اسماعیل نوبری هم از منسوبین نزدیک آیت‌الله سیدحسین خامنهای بود. نوبری از مبارزان انقلاب مشروطیت در تبریز بود و یک دوره هم به نمایندگی مجلس رسید.
والد ما دو برادر داشت: سیدمحمد و سید‌مهدی. سیدمحمد خامنهای به سبب حسن خلق و نیکوکاری به «سیدمحمد پیغمبر» معروف بود. وی از مادر دیگر و مُسن‌تر از والد و مقیم نجف بوده و با مراجع معروفی همچون آیت‌الله سید‌ابوالحسن اصفهانی و دیگر همسالان رفاقت و مناسباتی داشته و در جریان ترور آیت‌الله سیدحسن اصفهانی، فرزند مرحوم اصفهانی، در هنگام امامت نماز جماعت، ایشان هم مجروح شده بود. ایشان اواخر عمر به آذربایجان برگشت و در تحولات سیاسی فعال بوده و به سبب احترام اجتماعی و دولتی خدماتی انجام داده است. برخی نامه‌های ایشان به مقامات ایران نشان‌دهنده این مطلب است. سید حسن تقی‌زاده که در آن زمان معمم و طلبه جوان و فعال بود از اطرافیان ایشان بوده و عکسی هم از عده‌‌‌‌‌‌ای از مریدان ایشان باقی مانده است.
والد ما در نوجوانی تحصیلات ابتدایی خود را طبق مرسوم آن زمان در مکتب‌خانه‌‌‌‌‌‌ای در تبریز شروع می‌کند و پس از طی مقدمات علوم حوزوی، بعد از فوت پدرش به مشهد و سپس به عراق می‌رود و تحصیلاتش را در حوزه نجف ادامه می‌دهد. در حدود سال‌های 1337ـ 1336 ق دوباره سفری برای زیارت به مشهد می‌رود و حال و هوای علمی مشهد و حوزه علمیه را بررسی می‌کند. حوزه علمیه مشهد در آن ایام حوزه بسیار پر رونقی بوده و علمای بزرگی در آنجا درس فقه و حکمت می‌گفتند مثل میرزا محمد معروف به آقازاده خراسانی (پسر آخوند خراسانی) و حاج‌آقا حسین قمی در فقه و اصول و حاج‌آقا بزرگ حکیم شهیدی در حکمت و علوم عقلی. از این رو والد ما علاقه‌مند به ماندن در این شهر می‌شود. بعد از مدتی، با شنیدن خبر فوت مادرشان در شهر تبریز، به آن شهر برمی‌گردد و چون متأهل شده بود همسر اول خود و فرزندانش را از تبریز به مشهد مقدس انتقال می‌دهد.
ابوی تا حدود سال 1346 ق به همراه خانواده در شهر مشهد اقامت می‌کند و همان سال برای ادامه تحصیل دوباره راهی عراق و شهر نجف می‌شود. در نجف عمدتاً به درس میرزا محمدحسین نائینی و سید ابوالحسن اصفهانی می‌رود و تا سال 1351 ق نیز در نجف می‌ماند که در این سال با گرفتن اجازه اجتهاد از آیات نائینی و سید ابوالحسن اصفهانی و غروی معروف به «کمپانی» به ایران برگشته و به شهر مشهد می‌رود. در همین سال عیال اول ایشان فوت می‌کند و ایشان با همسر دومشان که مادر ما باشد ازدواج می‌کند.
والد ما از جمله علمای باسواد امّا گوشه گیر مشهد به شمار می‌رفت و چون فصاحت و بلاغت کمی در گفتار داشت درس عمومی نمی‌گفت، امّا در جلسات خصوصی ایشان شاگردان فاضل معروفی مثل آقا میرزا حسین عبایی و حاج شیخ نصرالله شبستری تربیت یافتند. ایشان در مسجد جامع گوهرشاد و مسجد صدیقی‌ها نماز می‌خواند. مسجد صدیقی‌ها چون دسته‌ها و مجالس ترک‌های مقیم مشهد در آنجا برگزار می‌شد به نام «مسجد ترک‌ها» معروف شده بود و گاهی دو ماه، محرم و صفر، یعنی شصت شب آنجا مجلس عزاداری بود. بسیاری از علما و فضلای شهرستان‌ها وقتی برای زیارت به مشهد می‌آمدند در این مسجد با ایشان نماز می‌خواندند.
والد ما از آن عالمانی بود که هیچکس با او دشمنی نداشت، لذا با او دوستی و احترام و محبت می‌کردند و محبوبیت و احترام عام داشت. ایشان با بسیاری از معارف علمای ایران و عراق از جمله آیت‌الله میلانی، علامه طباطبایی، حاج شیخ هاشم قزوینی، امام خمینی(ره) و بیشتر علمای معروف آذربایجان روابط نزدیک و دوستانه‌‌‌‌‌‌ای داشت و بسیاری از این علما به خانه ما رفت و آمد داشتند.
آیت‌الله میلانی خودش می‌گفت که ما و پدرتان هم مکتب بودیم و باهم درس می‌خواندیم و بازی می‌کردیم. آن دو خیلی به هم نزدیک بودند و ایشان در اوایل اقامت در مشهد تقریباً هفته‌‌‌‌‌‌ای یکبار به منزل ما می‌آمدند. علامه طباطبایی، آیت‌الله میلانی و پدرم در شهر نجف هم سه یار دبستانی بودند و این ارتباط و دوستی همچنان میان ایشان تا سال‌ها و تا اواخر عمرشان پابرجا بود.
علامه طباطبایی بعضی از سال‌ها با خانواده خود به مشهد مشرف می‌شدند و یکی دو ماه می‌ماندند و بیشتر اوقات، صبح‌ها برای دیدن آقای ابوی به منزل ما می‌آمدند و ساعتی با هم می‌نشستند و باهم از هر دری صحبت می‌کردند: گاه بحث‌های علمی داشتند، گاهی کتاب‌هایی مثل تحریر اقلیدس در علم هندسه را جلوی خودشان می‌گذاشتند و دو فقیه می‌نشستند و درباره قضایای هندسی باهم بحث می‌کردند. احتمال می‌دهم پدر من سؤال می‌کرد و مرحوم علامه، که قوی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌تر و استادتر بود، جواب می‌داد.
آقای طباطبایی با ما روابط خانوادگی هم داشت و در دوران اقامت خود در مشهد، هر دفعه که می‌آمدند خانواده و فرزندانشان را هم می‌آوردند، لذا خانم‌ها با هم دوستی و مراوده نزدیک داشتند، بچه‌های دو خانواده هم با هم بازی می‌کردند و روابط نزدیک و صمیمانه‌‌‌‌‌‌ای برقرار بود. همین روابط نزدیک باعث شد که خانواده من در قم پس از ازدواج، با خانواده ایشان و خود من با شخص علامه و فرزندانشان روابط خانوادگی داشته باشیم و منزل ما هم شاید کمتر از صد متر با منزل ایشان فاصله داشت.
یکی از خصوصیات اخلاقی پدرم کم رویی و گوشه‌گیری ایشان بود و از این رو اهل منبر رفتن رسمی نبود، امّا به واسطه اصرار دوستانش، گاهی بعد از نماز خود به منبر می‌رفت که اتفاقاً این منبرها به دلیل مطالعات شبانه‌روز ایشان و احاطه وسیع بر موضوعات دینی و اخلاقی بسیار مفید بود و مردم به آن علاقه نشان می‌دادند. علمای مشهد نیز به اطلاعات علمی والد پی برده بودند و گاهی از او استفاده می‌کردند. ایشان یک جلسه مباحثه روزانه به نام جلسه «مباحثه فقهی» برگزار می‌کرد. درمجموع در این جلسات آیات حاج میرزا حبیب‌الله ملکی تبریزی، آقا میرزا باقر تبریزی، حاج شیخ غلامحسین تبریزی معروف به عبدخدایی تبریزی، علم‌الهدی و آقای آسید علی رضوی و همچنین گاهی آیات حاج میرزا جواد آقای تهرانی و حاج شیخ حسنعلی مروارید حضور داشتند.
