رئیس مرکز اسناد انقلاب اسلامی به جنگ ۱۲ روزه هم پرداخت و رمز مقاومت ملت ایران را توکل و اتکا به خدا دانست: اسرائیل با پشتیبانی تمام ابرقدرت‌ها و کشورهای غربی به جنگ علیه ما آمد، بعد هم که خودِ آمریکا وارد میدان شد. در این دوازده روز پیشرفته‌ترین سلاح‌های امروز دنیا غیر از سلاح اتمی در ایران به کار رفت. دنیا پذیرفته که ایران از پس آمریکا و اسرائیل برآمد، آن‌ها را زمین‌گیر کرد، فهمیدند نمی‌توانند ادامه بدهند، میدان خطرناکیست، اگر ما یک ضربه بخوریم یک ضربه می‌زنیم.

همزمان با تحریم عید نوروز 1342 از جانب امام خمینی، رژیم پهلوی رودررویی آشکار خود را در مقابل روحانیت آغاز کرد. دو فروردین­ماه، در جریان برگزاری مراسم عزاداری شهادت امام صادق(ع) نیروهای ساواک در لباس غیرنظامی با هتک حرمت علما و مراجع تقلید به مدرسه فیضیه حمله برده و طلاب را مورد ضرب و شتم قرار دادند. هم­زمان با فاجعه فیضیه قم، عوامل رژیم شاه به مدرسه طالبیه تبریز نیز حمله ­کرده و چند تن از مردم در این حادثه مجروح و یا شهید شدند. بعد از این فجایع مراجع  و علمای نجف نیز در همدردی با مراجع قم اعلامیه‌هایی صادر کردند. یکی از این پیام‌ها اعلامیه بسیار مهم آیت‌الله سید ابوالقاسم خوئی در پاسخ به نامه برخی علما در اردیبهشت 1342 بود.

آیت‌الله طاهری خرم‌آبادی می‌گوید: نقل مى‌كنند در همان شب اول يا دوم دفن حاج آقا مصطفى بود كه امام بر سر قبرشان حاضر مى‌شوند، عده‌اى از طلاب هم امام را هم‌راهى مى‌كنند و به آن‌جا مى‌روند. وقتى نزديك قبر مى‌رسند: طلاب شروع به گريه مى‌كنند، اما حضرت امام مى‌فرمايند: «فاتحه بخوانيد، فاتحه بخوانيد» و به این شکل از گريه كردن طلاب و همراهان ممانعت مى‌كنند. بعد از فاتحه‌خوانى هم به صورت خيلى عادى به حرم مشرف مى‌شوند. صبر و استقامت و خويشتن‌دارى امام بسيار عجيب بود. تسلط عجيبى بر نفس خود داشتند. اين مسائل براى افراد عادى قابل هضم نيست تا چه رسد كه بخواهند خودشان انجام دهند.