مرکز اسناد انقلاب اسلامی

چنانچه نائینی با نگاشته‌ی تنبیه الامة و تنزیه المله سر سازش نداشت، لزومی نبود تا نسخه‌های آن کتاب را جمع کند، بلکه بر او واجب بود ردیه‌ای متقن و مستدل بر کتاب خویش بنگارد تا چنانچه فردی با تنزیه الملة دچار شبهه شده بود با رجوع به این کتاب جدید از تبدل رأی نائینی آگاه گشته و پاسخ شبهه خود را دریابد، نه آنکه در فضایی ساکت تنها به جمع‌آوری نسخه‌ی کتاب خویش بپردازد.

ابوالحسنی گفت: آقای یوسف محسن یک نامه‌ خواندنی به پدرم استاد منذر نوشته که الان نزد من موجود است. می‌نویسد: پدرم از پدرش آقا میرزا یوسف مجتهد اردبیلی نقل کردند روزى در کتابخانۀ آخوند خراسانى با جمعى که در میان آنان آقا ضیاء عراقى، شیخ على بسطامى، شیخ احمد رشتى و جمعى دیگر از معارف تلامیذ ایشان حضور داشتند، مشغول مذاکره بودیم. به محض اینکه تلگراف خبر شهادت شیخ‌ فضل‌الله را به آخوند دادند، چنان ناراحت شد که عمامه از سر برداشت و بر زمین زد و با کمال ناراحتی فرمود: «این چه کار است که مى‏ کنند، به دستور چه کسى این گونه اعمال را مرتکب مى‏ شوند؟! إنّا للّه‏ و انّا الیه راجِعُون.» حاج شیخ علی اکبر برهان هم نقل می‌کند بعد از شهادت شیخ فضل‌الله کسی خنده آخوند خراسانی را ندید.

مظفر نامدار محقق و تاریخ‌پژوه در پاسخ به این شبهه گفت: ادعای تکفیر شیخ فضل‌الله نوری توسط آخوند خراسانی و میرزای نائینی ازجمله ادعاهای کذب است. اولا این ادعا، یک ادعای متاخر است و دوما هیچ سندی ندارد؛ چون من همه مستندات تاریخی را در این رابطه بررسی کرده‌ام.

آیت‌الله‌ نائینی‌ نماینده‌‌ افكار علما و مراجع‌ طرفدار مشروطیت‌ است‌ كه‌ اندیشه‌های‌ جناح‌ مشروطه‌خواه‌ را تئوریزه‌ و مدون‌ می‌کرد. از نظر وی نیابت‌ فقها در عصر غیبت‌ در امور حسبه‌ از قطعیات‌ مذهب‌ است‌ و حفظ‌ نظم‌ و اساس‌ اسلام‌ را از مهم‌ترین‌ مصادیق‌ امور حسبه‌ می‌داند. علامه نائینی‌، حكومت‌ مشروطه‌ را از باب‌ اولیه‌‌ مشروع‌ نمی‌داند، بلكه‌ آن‌ را نوعی‌ حكومت‌ غاصبانه‌ می‌شمارد كه‌ از باب‌ ضرورت‌ و ثانویه‌ غصب‌ آن‌ كمتر از حكومت‌ استبدادی‌ است.