سید یحیی جعفری به واسطه مبارزاتش در کرمان همواره مورد توجه ساواک بوده است. بطوری که گزارش‌های متعدد از اقدامات و فعالیت‌های او نشان‌دهنده حساسیت ساواک بر روی این روحانی کرمانی است. ساواک کرمان در سال ۱۳۵۴ او را در کنار روحانیونی همچون علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی، محمدعلی انصاری، شیخ عباس پورمحمدی ماهونکی،   محمدجواد حجتی کرمانی و مرتصی فهیم در زمره افراد ممنوع‌الخروج از کشور قرار می‌دهد. در سال ۱۳۵۶ نیز ساواک به عنوان یکی از «وعاظ افراطی» همچنان نگران فعالیت‌های سید یحیی جعفری است. همچنین در سال ۵۷ او به عنوان «یکی از عاملین موثر اغتشاشات کرمان» معرفی می‌شود.