اتهام «سکوت در عصر شاه» سال‌های سال ابزاری برای تخریب چهره  و نام آیت‌الله مصباح یزدی بودو همچون سایه‌ای بر زندگی وی سنگینی می‌کرد؛ اتهامی که پس از دوم خرداد بسیار شایع شد و بیش از آنکه بر مبنای اسناد تاریخ باشد با تکیه بر کشمکش‌های سیاسی بود؛ بازخوانی روایت‌ها و پاسخ‌های مستند نشان می‌دهد که ماجرای غیب و سکوت در بدترین حالت دستاویزی سیاسی است و در بهترین حالت اختلاف در فهم و شیوه کنش انقلابی به حساب می‌آید.

در پی درگذشت علی شریعتی اختلافات در حوزه علمیه ازجمله مدرسه‌ «حقانی» بر سر او بالا گرفت. موافقان از یک سو و مخالفان به رهبری آیت‌الله مصباح یزدی از سوی دیگر مکررا با یکدیگر در نزاع بودند. در همین شرایط، شایعاتی نیز درباره مخالفت امام و علامه طباطبایی با شریعتی مطرح شد

مصطفی حائری‌زاده‌ می‌گوید: «وقتی حضرت‌ آيت‌الله بهشتی می‌خواستند به‌ آلمان‌ تشريف‌ ببرند ـ ما در ایران مبارزات‌ مخفيانه‌ای داشتيم‌ و سال‌ 42 و 43 که‌ امام‌ تبعيد شده‌ بودند و همه‌ تحت‌ تعقيب‌ بودند، مرحوم‌ بهشتی هم‌ اجبار پيدا کردند به‌ آلمان‌ تشريف‌ ببرند ـ قبل‌ از اينکه‌ تشريف‌ ببرند، در جلسات‌ مؤتلفه‌ فرمودند «در مدت‌ زمانی که‌ من‌ نيستم‌، به‌ جهت‌ حرکت‌های سياسی و تشکيلاتی دو نفر را به‌ شما سفارش‌ می‌کنم‌ و ديگر با خود شماست‌ که‌ از اين‌ دو نفر به‌ نحو لازم‌ و مقتضی استفاده‌ کنيد.» اين‌ دو نفر يکی مرحوم‌ شهيد باهنر بود و يکی هم‌ آقای مصباح‌ يزدی، که‌ آنجا برای اولين‌ بار اسم‌ آقای مصباح‌ به‌ گوش‌ من‌ خورد و اصلاً آشنايی ما با آقای مصباح‌ از آنجا شروع‌ شد.»