مسجد جاوید که محل اجتماع قشرهای مختلف جامعه از مردم عادی تا دانشجویان برای شنیدن مباحث سیاسی و مذهبی وقت بود حساسیت نهاد امنیتی وقت را بر می انگیخت. حضور چهره هایی مؤثر مانند شهید آیت الله دکتر محمد مفتح نیز بر حساسیت این مکان می افزود. حضور آیت الله خامنه ای و سخنرانی ایشان اما بهانه ای محکم به رژیم پهلوی برای تعطیل‌کردن این مسجد داد.

سوم آذر ماه سال 1353 پس از سخنرانی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در مسجد جاوید تهران، ساواک به این مسجد یورش برد و به این ترتیب یکی ازمهم‌ترین پایگاه‌های انقلابیون توسط رژیم پهلوی تعطیل شد. این مسجد در دورانی که دکتر محمد مفتح در آن اقامه نمار می‌کرد به شدت توسط ساواک کنترل می‌شد. دكتر مفتح از همان ابتدای ورود به مسجد، علاوه بر امامت جماعت، برنامه‌های مختلفی از جمله تشكیل كلاس‌های عقاید، دعوت از خطبا و وعاظ، طرح مسائل جهان اسلام، راه‌اندازی كتابخانه، برپایی كلاس‌های اسلام‌شناسی، جامعه‌شناسی، تاریخ ادیان، اقتصاد، فلسفه، تفسیر قرآن و نهج‌البلاغه را دنبال می‌كرد. این فعالیت‌ها در نهایت باعث تعطیلی مسجد توسط رژیم شد.