دکتر ابراهیم یزدی در نامه‌ای خطاب به آیت‌الله سید محمود هاشمی شاهرودی(رئیس وقت قوه قضائیه) با ابراز نگرانی از برخی عملکردهای دستگاه قضایی، خواستار بازنگری در روند برخورد با شخصیت‌های سیاسی بازداشت‌شده نهضت آزادی و فراهم کردن زمینه آزادی آنان شده است. وی همچنین بر لزوم برگزاری دادگاه‌های علنی و رعایت موازین قانونی و اسلامی تأکید کرده است.

آیت‌الله سید محمود حسینی شاهرودی از علمای مطرحی است که هم‌زمان‌ با حضور در نجف، نسبت به وقایع سیاسی رخ داده در ایران بی‌تفاوت نبود. ایشان در مواجهه با لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی، فاجعه مدرسه‌ فیضیه و بازداشت امام خمینی و علما در نیمه خرداد 1342، از جنایت‌های رژیم پهلوی اعلام انزجار نمود. ایشان در همان برهه، طی تلگرافی خطاب به شاه نوشت: نسبت به «حوادث اخیر و دستگیری علمای اعلام سلب راحت نموده و انزجار خود [را] از اعمال دولت اظهار می‌داریم.» به دنبال تبعید امام خمینی از ایران، آیت‌الله حسینی شاهرودی علیه این اقدام رژیم شاه موضع‌گیری کرد و به گزارش ساواک، پس از ورود امام به عراق، به ایشان ملحق شد.