آیت‌الله سید عبدالله شیرازی از جمله روحانیونی بود که در رخداد فاجعه گوهرشاد در مشهد حضور داشت. آیت‌الله شیرازی در خاطرات خود به شرح صحنه‌های جنایت مأموران رژیم پهلوی در حرم امام رضا(ع) می‌پردازد. وی به عنوان شاهد عینی یادآور می‌شود که عمال رضاخان فاجعه گوهرشاد را از به توپ بستن حرم امام رضا(ع) توسط روس‌ها نیز فاجعه‌بارتر می‌دانستند.

۲۸ اسفند ۱۳۵۸ امام خمینی در پیامی به رئیس‌جمهور و دادستان کل انقلاب، دستور عفو عمومی به مناسبت سال نو را صادر کردند. این عفو شامل «کلیه قشرهایی که دستشان به خون بیگناهی آغشته نشده و امر به قتل نفوس نکرده و شکنجه‌گر نبوده و امر به شکنجه منتهی به قتل نکرده و از بیت‌المال و اموال مردم سوءاستفاده ننموده، چه نظامی و چه سایر قوای انتظامی و چه ساواکی و چه روحانی‌نمای وابسته و پیوسته به رژیم سابق» بود. آیت‌الله‌العظمی سید عبدالله شیرازی، از مراجع تقلید، در تلگرافی به امام خمینی با استقبال از این فرمان عفو، آن را «موجب خوشوقتی عموم طبقات» دانست.