زندان و حبس در سازمان مجاهدین اصولاً در رابطه با اعضای ناراضی، منتقد و یا خواستار جدایی از تشکیلات اعمال می‌شد. این افراد بسته به دلایلی کناره‌گیری یا محاکمه می‌شوند یا حتی بدون محاکمه به زندان‌های ویژه‌ی افراد جدا شده و معترض سازمان فرستاده می‌شوند، تا تصمیم نهایی برای ماندن در سلول انفرادی، و یا اعزام به اردوگاه‌های عراق و زندان‌های عراق برایشان گرفته شود. اردوگاه «الرمادی» و زندان«ابوغریب» آخرین ایستگاه ناراضیان است.