آیت‌الله سید علی خامنه‌ای در 10 مهر ماه 1360 به عنوان سومین رئیس‌جمهور انتخاب شد. به دلیل شهادت شهید رجایی و باهنر توسط منافقین و از سوی دیگر جنگ تحمیلی رژیم بعث صدام علیه ملت ایران، کشور در شرایط بحرانی قرار داشت. علی رغم وخامت اوضاع تکمیل نظام سیاسی کشور با هدایت و درایت امام خمینی و در فرآیندی قانونی طی شد و مراسم تحلیف آیت‌الله خامنه‌ای در 21 مهر ماه 60 در مجلس شورای اسلامی به ریاست هاشمی رفسنجانی برگزار شد. آیت‌الله موسوی اردبیلی نیز به عنوان رئیس دیوان عالی کشور در کنار آیت‌الله خامنه‌ای قرار داشت.