حکومت خودمختار آذربایجان در پی حمایت‌های شوروی و در بحبوحه جنگ جهانی دوم تأسیس شد، اما با چالش‌های جدی در زمینه‌های مختلف اجرایی و سیاسی مواجه گردید. مشکلاتی نظیر بی‌نظمی در تأمین تغذیه و تجهیزات سربازان، نارضایتی‌های داخلی در بدنه اداری و فشارهای خارجی از سوی شوروی، فضای پیچیده‌ای را برای حکومت تحت رهبری جعفر پیشه‌وری ایجاد کرد