بررسی اسناد قضایی دادستانی انقلاب اسلامی مرکز در اوایل دهه ۱۳۶۰ نشان می‌دهد پرونده دکتر پرویز ناتل خانلری، پس از استعلام رسمی از مرکز اسناد انقلاب اسلامی و عدم یافتن هرگونه مدرکی مبنی بر همکاری با ساواک یا اقدام در سرکوب انقلابیون، با صدور قرار موقوفی تعقیب و رفع محدودیت از اموال وی مختومه شده است و اتهامات وارده بر ایشان مطابق با عفو عمومی امام خمینی رفع شد.