پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آیت‌الله شهید مرتضی مطهری، از علمای مبارز و انقلابی که خط مبارزه فکری و عملی را به طور توامان ادامه می‌داد، شامگاه سه‌شنبه 11 اردیبهشت 1358 توسط گروهک فرقان ترور شد و به شهادت رسید.
روز پنجشنبه، مردم با حضوری گسترده در مراسم تشییع پیکر شهید مطهری، بار دیگر همراهی خود را با انقلاب اعلام کردند. به گزارش روزنامه کیهان: «تشییع جنازه استاد شهید دکتر مرتضی مطهری متفکر و مبارز بزرگ اسلامی، با شرکت صدها هزار نفر از گروه‌های مختلف مردم، صبح پنجشنبه گذشته، در مسیر دانشگاه تهران تا میدان راه‌آهن با شکوهی کم‌نظیر برگزار شد. مردم یکصدا ترور استاد شهید را محکوم کردند و خواستار تعقیب و مجازات مسببین این واقعه شدند.»
حجت‌الاسلام حسن روحانی در بخشی از کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است درباره مراسم باشکوه تشییع پیکر شهید مطهری در روز 13 اردیبهشت‌ماه می‌گوید: ...حدود ساعت دوازده شب، تازه خوابيده بودم كه با صداي زنگ تلفن، با نگراني گوشي را برداشتم. يكي از دوستان بدترين خبر زندگي‌ام را به من داد و گفت: آقاي مطهري را ترور كرده‌اند و ايشان را به بيمارستان طُرفه برده‌اند. سراسيمه خود را به بيمارستان طرفه رساندم و فهميدم گلوله به سر آقاي مطهري اصابت كرده و ايشان قبل از رسيدن به بيمارستان شهيد شده است...
شهادت آقاي مطهري تأثربار، تكان‌دهنده و در عين حال درس‌آموز بود. ترور مرحوم مطهري نشان داد انقلاب با دشواري‌هاي زيادي روبه‌روست و دستيابي به اهداف آن به سادگي ميسر نخواهد شد. البته امام در مراسم يادبود استاد مطهري در پانزدهم ارديبهشت كه در مدرسه فيضيه برگزار شده بود، در يك سخنراني حماسي، همگان را از ترس برحذر داشتند و صريحاً فرمودند: «بكشيد ما را، ملت ما بيدارتر مي‌شود.»
عبارات مهيج امام و توانايي ايشان در ايراد سخنراني‌هاي حماسي، اضطراب و بيمي را كه در جامعه به وجود آمده بود، از بين برد و در عين حال همه را متوجه اين نكته كرد كه بايد همه مردم و مسئولان و مديران كشور هوشيار باشند و با برنامه‌ريزي درست و تحمل دشواري‌ها در راهي كه قدم گذاشته‌اند، پيش بروند.
پيكر شهيد مطهري روز پنجشنبه سيزدهم ارديبهشت باشكوه فراوان از دانشگاه تهران تا ميدان راه‌آهن تشييع شد و از آنجا به قم منتقل گرديد و در مسجدِ بالاسرِ حرم حضرت معصومه(س) به خاك سپرده شد.
آن روز از صبح زود به مسجد دانشگاه تهران رفتم، محوطه دانشگاه مملو از جمعيت بود و همه عزادار و گريان بودند. همه اعضاي شوراي انقلاب، دولت موقت، روحانيون سرشناس تهران و اساتيد دانشگاه در مسجد دانشگاه، گرد آمده بودند تا پيكر شهيد مطهري را تشييع كنند. پيكر ايشان داخل مسجد بود.
از بلندگوهاي مسجد صداي قرائت قرآن پخش مي‌شد و در بيرون مسجد دانشگاه جمعيت موج مي‌زد. من پس از چند دقيقه حضور در مسجد، به بيرون آمدم و در محوطه چمن حدود پانزده دقيقه براي مردم درباره شخصيت آقاي مطهري و اينكه همه بايد براي حفظ انقلاب آماده باشيم و از دادن خون خود دريغ نكنيم، صحبت كردم و دوباره به مسجد بازگشتم. در آن هنگام جنازه را حركت دادند و تشييع شروع شد. سپس من داخل ميني‌بوسي رفتم كه چند بلندگو روي آن نصب شده بود و از طريق آنها شعارها پخش مي‌شد و مردم آنها را تكرار مي‌كردند. من نيز چند بار پشت ميكروفون رفتم، گاهي سخنان چند دقيقه‌اي ايراد مي‌كردم و گاهي هم شعاري كه بيشتر آنها بر ضد منافقين، توده‌اي‌ها، آمريكا و شوروي بود، سر مي‌دادم و مردم نيز تكرار مي‌كردند؛ «آمريكا ـ شوروي ـ دشمن خلق مايي»، «مرگ بر منافق»، «مطهري شهادتت مبارك»، «مطهري، مطهري شهيد انقلابي ـ منافق، منافق انگل اجتماعي»، «اسلام پيروز است منافق نابود است» جزو شعارهاي آن روز بود. تا ميدان راه‌آهن جنازه را تشييع كرديم و از آنجا جنازه را به سمت قم حركت دادند.
در قم نيز جمعيت بسيار زيادي جنازه آقاي مطهري را تشييع كردند. همه علما و مراجع و طلاب و مردم شركت كرده بودند. پس از مراسم خاكسپاري، از روز بعد، مراسم ترحيم مختلفي در تهران و شهرستان‌ها برگزار شد. يكي از آنها توسط جامعه روحانيت مبارز تهران در مسجد امام‌خميني بازار برگزار شد. من در اين مجلس كه جمعيت بسيار زيادي در آنجا گرد آمده بودند و همه شبستان‌ها و حياط پر از جمعيت بود، سخنراني كردم. در آن روز من از شدت هيجان و احساسات برخلاف معمول، روي منبر ننشستم، بلكه روي پله دوم منبر ايستادم و با شدت و حرارت سخنراني كردم كه نوار آن سخنراني موجود است. روز بعد مراسم ديگري در مسجد دانشگاه تهران برگزار شد و مجلس بسيار باعظمتي بود. سخنراني به عهده من بود. در اين مجلس نيز علما، اساتيد دانشگاه، دانشجويان و مردم شركت داشتند و شخصيت‌هايي مانند آقاي مفتح جلوي درب مسجد ايستاده بودند.
در قم امام فرموده بودند كه دو روز در فيضيه به عزا مي‌نشينيم كه در روزهاي پنجشنبه و جمعه در مدرسه فيضيه از طرف امام مجلس بزرگداشت برگزار شد. در روز پنجشنبه مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمين آقاي مروي سخنراني كردند كه امام در آن مجلس خيلي متأثر بودند و در هنگام ذكر مصيبت به شدت مي‌گريستند. عكس‌العمل امام در برابر اين مصيبت نشان داد كه علامه مطهري در نزد امام از فرزند خودش هم عزيزتر بود و واقعاً امام او را حاصل عمر خود مي‌دانست.
