پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ پس از اعدام اکبر گودرزی سرکرده گروهک فرقان در سال 1359، اندک یاران باقیمانده از او مجددا به صحنه ترور و خشونت برگشتند.
در بخشی از کتاب «ترکیب التقاط و ترور» که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده درباره دیگر اقدامات تروریستی فرقان و سرنوشت اعضای آن آمده است:
پس از اعدام سران فرقان، محمد متحدی که از اصلیترین عناصر فرقان
بود گروه کوچکی را که در تبریز شکل داده و ترور آیتالله قاضی طباطبایی توسط
این گروه شکل گرفته بود، به تهران منتقل کرد و کوشید تا انتقام اعدامشدگان گروه
فرقان را بگیرد. محمد متحدی با همکاری امیر مسعود تقیزاده که قاتل شهید آیتالله
قاضی طباطبایی بود، نقشه ترور عبدالمجید معادیخواه، سید عبدالکریم موسوی
اردبیلی، آیتالله ربانی شیرازی و آیتالله سید علی خامنهای را
طراحی و اجرا کردند که دو عملیات اول با ناکامی کامل مواجه شد و عملیاتهای بعدی
با مجروحشدن آیتالله ربانی و آیتالله خامنهای به اتمام رسید.
امیر مسعود تقیزاده در اعترافاتش درباره نحوه ترور آیتالله خامنهای در 6 تیر 1360 در مسجد ابوذر میگوید: «طرح استفاده از ضبط صوت برای عملیات از قبل توسط مهدی [محمد متحدی] مطرح شده بود، چون من برای یک خبرنگار ژاپنی کار میکردم، از طریق ترمه او و چند بار برای مصاحبه مطبوعاتی پیش بهشتی هم میرفتند و معمولاً خبرنگارها ضبط صوت را روی میز میگذاردند. این فکر به نظر مهدی [محمد متحدی] رسیده بود. البته حسن به دلیل از یاد بردن هدف اصلی و حل شدن در کار خبرنگاری با نظر مهدی از آنجا دست کشید ولی این طرح مخصوصاً بعد از عدم موفقیت در کارهای معادیخواه یا موسوی اردبیلی خیلی فکر مهدی را مشغول کرده بود.
یک طرحی را برای من کشیده بود که از روی آن یکی را درست کنم و آن یک
مکعب مستطیل بود که در آن چند سوراخ به نظر 9 میلیمتری با فواصل مساوی تعبیه شده
بود و سپس بعد از تهیه آن که من به یک تراشکاری دادم و حتی وی مشکوک شده بود و اوستایش
گفته بود که این برای اسلحه است و من با هزار مکافات و توجیه بالاخره گرفتم و مهدی
بعد از چند روز کار روی آن چیزی درست کرده بود به قرار زیر که چهارتا فشنگ در
سوراخها قرار میداد
(در هر سوراخ یک عدد) و سپس یک صفحه را که چهار میخ به آن وصل کرده بود و توسط یک
محور وسط این صفحه را به سمت مکعب مستطیل میکشید که اگر ضامن را کشیده و صفحه را
به عقب برده و رها میکردیم، میخها بر
روی فشنگها خورده
و آنها هم عمل میکردند. البته به نظر درست بود ولی وقتی من و رضا در جاده
سولیقون آن را هرچه امتحان کردیم عمل نکرد.
اولین دفعه با ماشین رفتیم، حسین هم بود که عمل نکرد. وقتی دفعه
دوم که مهدی میگفت حتماً ضامنش را نکشیدهاید، با رضا رفتیم باز هم نتیجه نداد.
به این ترتیب مسئله مانده بود تا اينکه مهدی طرحش را تغییر داده و این بار به جای
چهار سوراخ یک سوراخ گذاشته بود. قسمتی با قطر بزرگ و این همان طرحی بود که در ضبط
[ترور آیتالله] خامنهای استفاده شد. البته این را امتحان کرده
بودم و خوب هم عمل کرده بود. البته به غیر از من مهدی خودش امتحان کرده بود و این
دفعه در انتهای آن سوراخ که قطرش حدود 1سانتیمتر بود یک سوراخ که [...] منتهی میشد،
آن سیم چاشنی برق از آنجا خارج میشد و سپس مقداری باروت روی چاشنی ریخته و سپس هم
تعدادی ساچمه بلبرینگ روی آن ریخته و با یک [...] دایره پلاستیکی و چسب روی آنها
گذاشته و ثابت میکردند!
این ضبط در مرحله اول برای موسوی اردبیلی در نظر گرفته شده
بود که هر شب جمعه در مسجد کنار خانهاش سخنرانی و تفسیر داشت و [...] مهدی به
حسن گفته بود که چون او تفسیر قرآن میکند کار در آن زمان از نظر بیرونی خیلی
تبلیغ بدی میشود، به همین دلیل دفعه بعد من رفتم و دیدم که امکان دارد که کار با
ضبط انجام دهیم، بنابراین برای هفته بعد مهدی ضبط را تهیه کرده بود ولی درست همان
هفته وی بنا بر یک عزا یا عیدی به مشهد رفته بود و نشد.
تا اينکه مطلع
شدیم [آیتالله] خامنهای در محل یک برنامه پرسش و پاسخ دارد. من
روز قبل برای شناسایی مسجد رفته و فردایش با ضبط به محل رفتم. قبلاً مهدی آن را با
چراغ امتحان میکرد و خوب عمل میکرد ولی روز عمل صبحش که من چند دفعه آزمایش
کردم، متوجه شدم که زیاد هم قابل اعتماد نیست و با کمی تکان از حالت معمولش بیرون
میآید.
به هر حال من ظهر به مسجد رفتم و دیدم که یک نماز به امامت خود
[آیتالله] خامنهای خواندهاند و نماز بعدی را هم من شرکت کردم و سپس وقتی وی
برای سخنرانی به پشت میز بزرگی که قرار داشت رفت من بعد از یکی دو دقیقه ضبط را به
کار انداخته و جلوی وی گذاشتم. البته چون میز بزرگ بود او برای برداشتن کاغذ سؤالها
به آن طرف و این طرف خم میشد، من
امکان اينکه به هدف بخورد را
زیاد نداشتم و دیگر اينکه چون ترس داشتم، قبل از رسیدن نوار
به آخر بمب عمل کند هر چه سریعتر به کناری رفته و جورابهایم را پوشیدم و سپس به
توالت رفته و از آنجا خارج شدم و از کوچه پشتی به میدان ابوذر که فولکس را آنجا
گذاشته بودم رفتم و از محل دور شدم.»
پس از عملیات 6 تیر که موجب زخمیشدن آیتالله خامنهای شد، نیروهای دادستانی انقلاب توانستند ردهایی از گروه رهروان فرقان را در مشهد بیابند و در شهریور 1360 محمد متحدی و مسعود تقیزاده دستگیر شدند. مسعود تقیزاده در بازجوییها به تفصیل سخن گفت اما محمد متحدی به جز چند خط سخنی نگفت و در دادگاه نیز حاضر به دفاع از خود نشد. دادگاه انقلاب تهران به ریاست آیتالله محمدی گیلانی این دو را پس از محاکمه به اعدام محکوم کرد و حکم اعدام در تاريخ 1360/11/8 در محل برگزاری نماز جمعه تبريز به اجرا درآمد. البته پس از ریشهکنی رهبری و شاخه نظامی گروه فرقان، با تصمیم دادگاه انقلاب صرف عضویت در گروه فرقان برای افراد غیر زندانی در حکم محاربه به حساب آمد و دادگاههای انقلاب در سال 1360 برخورد سختی با اعضای گروه رهروان فرقان داشتند.
همچنین حجتالاسلاموالمسلمین شیخ قاسم اسلامی از منتقدان اصلی دکتر شریعتی در تاریخ 5 مرداد 1359 در منزلش ترور شد. بعدها مشخص شد دو نفر با خواندن کتابهای دکتر شریعتی و تحریک برخی عوامل دست به قتل شهید شیخ قاسم اسلامی زدهاند. گرچه ضارب دستگیر و اعدام شد اما آنان هیچگاه ارتباطشان با گروه فرقان را رد و یا تأیید نکردند.