پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ مسئله تقریب مذاهب همچون دیگر مسائل موافقان و مخالفان گوناگونی دارد تا جایی که بزرگان عرصه دین و سیاست هم از تبعات این مجادلات در امان نبوده اند. شهیدان بهشتی و مطهری از جمله عالمان دینی برآمده از حوزه علمیه بودند که به واسطه دیدگاه‌های تقریبی و وحدت‌بخش خود مورد اتهام جریان‌های مخالف این اندیشه قرار گرفتند. در دوران مبارزات اسلامی نیز مسئله وحدت شیعه و سنی یکی از مبتلائات جامعه مذهبی بود که می‌توانست در رویکردهای جریان‌های حوزوی به مبارزات سیاسی اثرگذار باشد. در یکی از این اسناد که از منابع ساواک به دست آمده به خوبی به این اختلافات و اتهامات اشاره شده است.
در سند مزبور که در گنجینه اسناد مرکز اسناد انقلاب اسلامی وجود دارد چنین آمده است: « ساعت 7/5 بعدازظهر روز سه‌شنبه 49/11/13 شیخ محمدحسین نیازی در حجره خود واقع در مدرسه خان اظهار داشت شنیده‌ام آقای مطهری قصد دارد از دانشگاه استعفا کرده و به قم بیاید. شیخ محمدعلی صنعتگر گفت این موضوع را من هم شنیده‌ام و علی دوانی هم آن را تایید کرده. صنعتگر درباره حسینیه ارشاد در تهران توضیح داد که عده‌ای از گویندگان و فضلایی که در سلک روحانیت هستند عقیده دارند که باید شیعه اختلافات خود را با اهل تسنن به تدریج رفع کند و نسبت به خلفای راشدین حسن نظری پیدا کند و از تعصبات دست بردارد روی همین اصل برخی از فضلا از جمله بهشتی که چندی به سمت نماینده مذهبی در آلمان بود خیلی تندروی می‌کند و حتی از ابوبکر و عمر به خوبی یاد می‌نماید. بهشتی پس از آنکه به ایران آمد در تهران مسجدی برایش انتخاب کردند تا اقامه جماعت کند ولی چون مطالبی به دفاع از اهل تسنن اظهار داشت مسجد را از او گرفتند و حتی عده‌ای در تهران هستند که به ظاهر برای تقریب و نزدیک ساختن شیعه و سنی فعالیت شدیدی را آغاز کرده‌اند و عده‌ای از سخنرانان و گویندگان در حسینیه ارشاد مطالبی در این زمینه‌ها بیان می‌کنند و حتی آقای مطهری از جمله آن افراد است و اعتراض بیشتر به مطهری از این جهت است که عنوان سرپرستی حسینیه ارشاد را دارد و نه تنها مانع ایراد چنین سخنرانی‌هایی نمی‌شود بلکه خود نیز با آن‌ها هم‌عقیده است.
صنعتگر گفت در اینکه مطهری مرد ملا و عالم جامعی است حرفی نیست و حتی مایل نبود تدریس در دانشگاه را قبول کند و می‌خواست در حوزه علمیه بماند و از آیت‌الله بروجردی خواست که زندگی او را اداره کند ولی آیت‌الله بروجردی چندان اعتنائی به او نکرد و ناراحت از قم و از حوزه علمیه بیرون رفت و در تهران به دانشگاه رفت. شیخ محمدحسین نیازی گفت راستی سپاه دین که اعلیحضرت موضوع آن را عنوان نموده ممکن است جامه عمل بپوشد؟ محمدباقر برقعی گفت در این مورد نباید کمترین تردیدی کرد. نیازی گفت بیشتر طلاب از این موضوع اطلاعی ندارند و تصور نمی‌کنند که روزی به مرحله اجرا درآید. صنعتگر گفت اگر تشکیل سپاه دین عملی گردد به حوزه علمیه لطمه شدیدی می‌خورد و من تصور نمی‌کنم آیات مخصوصا آیت‌الله شریعتمداری بگذارد این موضوع تحقق پبدا کند بدون تردید مانع اجرای آن لااقل در مورد حوزه علمیه قم می‌شود...»
