تیر ماه 1357 سیل سیستان و بلوچستان مردم مناطق محرومی چون ایرانشهر را به درد سر انداخت. خسارت مالی در کنار کمبود آذوقه و مواد مورد نیاز می‌رفت تا وضعیت اسفناکی را بر منطقه حاکم کند. در وضعیت نابسمان و عدم رسیدگی نهادهای دولتی به مردم، دستگاه امنیتی رژیم پهلوی به ویژه ساواک نگران میدان‌داری یک روحانی تبعیدی در کمک‌رسانی به سیل‌زدگان است: سید علی حسینی خامنه‌ای. اثرگذاری فعالیت‌های آیت‌الله خامنه‌ای در کمک‌رسانی به مردم سیل‌زده و روشنگری‌های سیاسی او موجب می‌شود تا ساواک مرکز طی دستوری با امضای پرویز ثابتی در 9 مرداد 1357 دستور تغییر محل تبعید آیت‌الله خامنه‌ای از ایرنشهر به جیرفت کرمان را صادر کند. پایگاه اطلاع‌رسانی مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ تیر ماه 1357 سیل سیستان و بلوچستان مردم مناطق محرومی چون ایرانشهر را به درد سر انداخت. خسارت مالی در کنار کمبود آذوقه و مواد مورد نیاز می‌رفت تا وضعیت اسفناکی را بر منطقه حاکم کند. در وضعیت نابسمان و عدم رسیدگی نهادهای دولتی به مردم، دستگاه امنیتی رژیم پهلوی به ویژه ساواک نگران میدان‌داری یک روحانی تبعیدی در کمک‌رسانی به سیل‌زدگان است: سید علی حسینی خامنه‌ای.
آیت‌الله سید علی خامنه‌ای، مبارز خستگی‌ناپذیر نهضت اسلامی که مبارزاتش رژیم پهلوی را به ستوه آورده بود در ۲۸ آذر ۱۳۵۶ به ایرانشهر در جنوب سیستان و بلوچستان تبعید شد. این تبعید تبدیل به فرصتی برای آگاهی‌بخشی و حضور اجتماعی در بین مردم یکی از محروم‌ترین مناطق ایران شد. به شواهد اسناد و خاطرات اوج این خدمت و مدیریت در سیل تیر ماه 1357 بود. جایی که در غیاب کمک‌های دولتی جمعی از روحانیون تبعیدی به سرپرستی آیت‌الله خامنه‌ای آرامبخش رنج و آلام مردم سیل‌زده بودند.
به گفته حجت‌الاسلام‌والمسلمین سید حسین مطهری یزدی « آیت‌الله خامنه‌ای فعالیت چشمگیری در آن خطه داشتند؛ مثلاً برای سیل‌زدگان و قحطی‌زدگان آنجا پول جمع می‌کرد، برای آیت‌الله صدوقی در یزد و آیت‌الله بهاء‌الدین محلاتی در شیراز نامه می‌‍‌نوشتند و درخواست کمک برای فقرای آن منطقه می‌کردند. ایشان گاهی هم لباس بلوچی می‌پوشیدند و در تویوتا می‌نشست و می‌رفتند به روستاها سر می‌زدند...»
سید احمد آوایی هم درباره این رابطه می‌گوید:« تصمیم ما برای رفتن به پاکستان به حسب اتفاق مصادف شد با زمانی که آیت‌الله خامنه‌ای به ایرانشهر تبعید شده بودند و آقای راشد یزدی همراه ایشان بود که با هم در خانه زندگی می‌کردند. تابستان 1357 هوا بسیار گرم بود. ما آنجا خدمت آیت‌الله خامنه‌ای رسیدیم... جوانان زیادی از جاهای مختلف برای دیدار ایشان آمده بودند و اتفاقاً در آن منطقه سیلی هم به راه افتاده بود و آقای خامنه‌ای در مسجدی مسئول جمع‌آوری کمک‌های مردمی بود...»
مدیریت آیت‌الله خامنه‌ای در سیل سیستان
آیت‌الله خامنه‌ای خاطرات خود از آن روزها را در "کتاب خون دلی که لعل شد" اینگونه روایت می‌کند: «... پس از آن کمیته‌ای برای کمک به سیل‌زدگان تشکیل دادیم... به شهر برگشتیم و در کمیته نجات و امدادی که تشکیل داده بودیم، مستقر شدیم. خبر دادند که هشتاد درصد خانه‌های شهر ویران شده و تمام خانه‌هایی را هم که ویران نشده، آب فراگرفته است... ناگهان به ذهنم رسید مردم شهر از دیروز تاکنون غذایی نخورده‌اند و گرسنه‌اند، نانواها به علت سیل نانوایی را بسته و آب وارد مغازه‌ها شده بود... به اداره پست رفتم به آقای کفعمی در زاهدان، عالم بزرگ معروف استان سیستان‌و‌بلوچستان تلفن زدم و از ابعاد فاجعه با او صحبت کردم و گفتم ما نان و خرما و اگر بشود پنیر هرچه زودتر به هر اندازه که بتوانید، نیاز داریم. از او خواستم با آقای صدوقی در یزد و با مشهد و تهران نیز تماس بگیرد و به همه اطلاع دهد که ما به غذا نیاز داریم... دو سه ساعت بیشتر طول نکشید که یک کامیون بزرگ پر از نان و خرما و هندوانه و پنیر رسید. بلندگوی مسجد را با تلاوت قرآن باز کردیم و بعد اعلام کردیم که مسجد آل رسول مرکز کمک به مردم و رساندن غذا برای نجات مردم است... در هر حال کار ما در ایرانشهر ۵۰ روز ادامه داشت. به دیدار مردم در خانه‌ها و آلونک‌ها و چادرها می‌رفتیم و تعداد افراد خانواده‌ها را آمار می‌گرفتیم... توزیع را براساس آمارهایی که نوشته بودیم، قرار دادیم. برگه‌هایی برای کوپن خواربار تهیه کردیم و هر خانواده طبق برگه کوپن سهمیه دریافت می‌کرد... در پایان ۵۰ روز امدادرسانی پس از برطرف کردن آثار سیل تا جایی که می‌توانستیم جشن بزرگی برپا کردیم.»
نگرانی ساواک از میدان‌داری آیت‌الله خامنه‌ای
از سوی دیگر این فعالیت‌های روحانیون تبعیدی در منطقه نیز از دید ساواک دور نماند. گزارش‌های ساواک پیرامون وضعیت رسیدگی به سیل‌زدگان ایرانشهر به خوبی نقش‌آفرینی آیت‌الله خامنه‌ای را به تصویر می‌کشد.
در یکی از این اسناد سازمان ایرانشهر اعلام داشته: «روز37/4/19[1357] که سیل در ایرانشهر جاری گردیده بود وعاظ تبعیدی شهرستان مذکور که در راس آن‌ها سید علی حسینی خامنه‌ای بوده با راه افتادن در پیشاپیش مردم جهت کمک به سیل‌زدگان خود را حامی سیل‌زدگان قلمداد و اظهار داشته‌اند کمک‌های دولت موثر نخواهد بود. روحانیون مزبور درصدد بودند رأساً نسبت به توزیع آذوقه بین اهالی اقدام نمایند لکن از طریق شهربانی از این کار جلوگیری و به آن‌ها تذکر داده شده کمک‌های آن‌ها بایستی از (طریق) کمیته امداد در اختیار سیل‌زدگان قرار گیرد. علیهذا چون امکان دارد اقدام شهربانی محل با عکس‌العمل روحانیون مورد بحث از قبیل مخابره تلگراف به آیات و مراجع مختلف مواجه گردد لذا مراتب جهت استحضار اعلام می‌گردد.»
اما اخطارهای شهربانی محل در این رابطه روحانیون را از ادامه کار باز نداشت و کار کمک‌رسانی مردمی به سیل‌زدگان همچنان ادامه یافت. گزارشی که ساواک در روزهای بعد اینگونه آن را مخابره کرد: «روحانیون تبعیدی مقیم ایرانشهر به سرپرستی سید علی حسینی خامنه‌ای ضمن تماس با اهالی شهرستان‌هایی نظیر یزد و زاهدان، آرد، برنج، نان و غیره تهیه و با در اختیار گذاردن حواله‌ای به شرح «مسجد آل رسول ـ گروه امدادی علمای اسلامی، سید علی خامنه‌ای»، مواد مزبور را بین سیل‌زدگان توزیع می‌نمایند.»
درخواست مردم برای افزایش روحانیون تبعیدی به ایرانشهر
فعالیت‌های آیت‌الله خامنه‌ای در کمک به مردم سیل‌زده اثرات بسیاری در مردم منطقه ایرانشهر داشت که بخشی از آن در گزارش‌های ساواک آمده است. حدود چند هفته پس از این واقعه ساواک به نقل از منابع خود درباره "شیخ خامنه‌ای آخوند تبعیدی شهرستان ایرانشهر" می‌نویسد: «خبر رسیده حاکیست کدخدا درّا امیری ساکن اسپکه از بخش‌های اطراف شهرستان ایرانشهر و از آشنایان منبع که در ساعت 11 مورخه 2537/5/23[1357] بعنوان ملاقات با منبع تماس داشته اظهار نموده در حادثه سیلی که چندی قبل در ایرانشهر جاری و به اهالی خسارت مالی زیادی وارد و زندگیشان تباه شده یک نفر از آخوندهای تبعیدی بنام شیخ خامنه‌ای که از یکی از شهرستان‌های ایران بجرم برهم زدن نظم و امنیت و همچنین دادن شعارهای ضدمیهنی و ملی در شهرستان ایرانشهر بسر می‌برد بمردم شهرستان مزبور کمک نقدی و جنسی(از قبیل پتو، خواربار از هر رقم) می‌نماید و کمک وی باعث رفع گرفتاری مردم شده و اهالی ایرانشهر اظهار می‌دارند اگر دولت لطفی بکند و دو یا سه نفر از این شیخ‌ها و آخوندها را بشهرستان ایرانشهر تبعید کند برایشان بس است که به آن‌ها کمک بکنند تا جبران خسارتشان بشود. ضمناً وسایلی که شیخ خامنه‌ای در اختیار مردم بعنوان کمک می‌گذراد توسط کامیون به ایرانشهر وارد می‌شود و مشخص نیست کامیون‌های حامل خواروبار به چه طریقی و از طرف چه کسانی به نشانی شیخ خامنه‌ای فرستاده می‌شود.»
اثرگذاری فعالیت‌های آیت‌الله خامنه‌ای در کمک‌رسانی به مردم سیل‌زده و روشنگری‌های سیاسی او موجب می‌شود تا شهربانی ایرانشهر در گزارش 28 مرداد خود خواستار تبعید دو تن از روحانیون یعنی آیت‌الله خامنه‌ای و حجت‌الاسلام راشدیزدی به غرب کشور شده است.
بنابر همین گزارش‌ها ساواک مرکز طی دستوری با امضای پرویز ثابتی در 9 مرداد 1357 دستور تغییر محل تبعید آیت‌الله خامنه‌ای از ایرنشهر به جیرفت کرمان را صادر می‌کند.
