۲۲ آبان ۱۳۶۸ اولین نمایندگان رهبری در شورای عالی امنیت ملی منصوب شدند. شورایی که ترکیبی از عالی‌ترین مسئولان سیاسی، نظامی و امنیتی کشور است و تصمیماتش تنها پس از تأیید نهایی رهبری قابلیت اجرا می‌یابد. مسیح مهاجری در بخشی از خاطرات خود به ساختار، کارکرد و پشت‌پرده برخی تصمیم‌گیری‌های این شورا در دوران روحانی، لاریجانی و جلیلی پرداخته است.