در پایان دوره اول ریاست‌جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، که به عنوان سومین رئیس‌جمهور انتخاب شده بود، ایران برای اولین بار دوران کامل یک دولت را پشت سر گذاشته بود. در دوره چهارم انتخابات ریاست‌جمهوری آیت‌الله سید علی خامنه‌ای، محمود کاشانی و حبیب‌الله عسگراولادی به از سوی شورای نگهبان احراز صلاحیت شدند. رد صلاحیت مهدی بازرگان نامزد نهضت آزادی از اتفاقات مهم این دوره بود. بیشتر احزاب و گروه‌های فعال از ریاست‌جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای حمایت می‌کردند. در روز  1364/5/25 انتخابات برگزار شد و آیت‌الله خامنه‌ای با 12/203/870 رأی حائز 85/67 درصد آرا شد.

براساس آماری كه "محمدحسین سرورالدین" معاون سیاسی وقت وزارت كشور در روز 13 مهر 60 ارائه داد ، در تهران حضرت آیت‌الله خامنه‌ای از مجموع 2286333 رای، 2079951 رای یعنی 90 درصد كل آراء را به خود اختصاص داد. روز دوشنبه 13 مهرماه، سه روز پس از آغاز رای‌گیری و در پی شمارش آرا، نتایج قطعی انتخابات سومین دوره ریاست جمهوری اعلام شد كه براساس آن، از مجموع 16 میلیون و 847 هزار و 717 رای ماخوذه، "آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای" با كسب 16 میلیون و 8 هزار و 579 رای، یعنی معادل 95 درصد كل آراء به عنوان سومین رئیس‌جمهور ایران انتخاب شدند.