پس از آن... آیتالله قدوسى مبارزهاى پىگير و همهجانبه را عليه سازمان منافقين آغاز كرد. با تلاشهای او، خانههايى كه توسط سازمان غصب شده بود، بازپس گرفته شد و برخی نشريات وابسته به سازمان منافقين که به تشويش اذهان عمومى مىپرداختند توسط دادستانى تعطيل شدند.
حاج احمد قدیریان میگوید: ...شهادت آقاي قدوسي بسيار عجيب بود. ايشان به يکي از کارکنان دادستاني به نام آقاي فخّار مشکوک شده بود، شخصي که بعدها ديديم با مسعود رجوي عکس داشت. فخّار در دادستاني نفوذ کرده بود. آقاي قدوسي چندينبار به مسئولين پرسنلي تذکر داده بود که «مراقب او باشيد، من نسبت به اين شخص مشکوکم.»