پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آيت‌الله ميرزا حسين نائينی در حدود 1276ق در شهر نائين، در خانواده‌ای از اهل‌علم متولد شد. پدرش ميرزا عبدالرحيم نائينی، شيخ‌الاسلام نائين بود.
ميرزا حسين، مقدمات را در نائين فرا گرفت و در سال 1293ق جهت ادامه تحصيل به اصفهان رفت. در سال 1302ق رهسپار عراق شد و تا سال 1312ق در محضر ميرزاي‌شيرازي فقه را فرا گرفت. در سال1314ق به نجف رفت و در درس خصوصي آخوندخراساني شركت كرد. بعد از وفات آخوند خراساني حوزه درسي مستقل ايجاد كرد و پس از مرگ ميرزاي دوم، يكي از مراجع تقليد شد.
در زمان مشروطه كتابي را به زبان فارسي به نام «تنبيه الامّه وتنزيه الملّه» تدوين كرد و دو مرجع آن زمان، آيت‌الله‌آخوند خراسانی و ميرزا عبدالله مازندراني برآن تقريظ نوشتند. اما چندی بعد، شروع به جمع‌آوري نسخه‌هاي اين كتاب حتي به قيمت گزاف كرد و سپس آنها را از بين برد.
آيت‌الله ميرزا حسين نائينی به همراه آيت‌الله سيدابوالحسن اصفهانی در عراق در مقابل انگليس و دولت دست‌نشانده قيام كردند و در آخر سال 1341ق به ايران تبعيد شدند. ميرزای نائينی از علمای اصولی شيعه بود و شاگردانی بسيار تربيت كرد.
وي سرانجام در سال 1355ق در حدود هشتاد سالگی به جوار رحمت حق شتافت و در يكی از حجرات صحن مولای متقيان دفن شد.
